PDB-3ck1: CRYSTAL STRUCTURE OF a putative thioesterase (REUT_A2179) FROM RA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ck1

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF a putative thioesterase (REUT_A2179) FROM RALSTONIA EUTROPHA JMP134 AT 1.74 A RESOLUTION

要素

Putative thioesterase

キーワード

HYDROLASE / PUTATIVE THIOESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

: / Thioesterase-like superfamily / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Thioesterase superfamily

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia eutropha (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative thioesterase (YP_296387.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 1.74 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ck1.cif.gz	85.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ck1.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ck1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3b0h-1 2yiv-d 4hq6-d 3b0n-d 3b52-d 3jrw-d 5jjq-3 2hjw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 379793

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative thioesterase

B: Putative thioesterase

ヘテロ分子

34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative thioesterase

B: Putative thioesterase

ヘテロ分子

A: Putative thioesterase

B: Putative thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.067, 77.067, 242.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-221- HOH
2	1	B-299- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 142 / Label seq-ID: 2 - 143

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative thioesterase 分子量: 16900.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 生物種: Cupriavidus necator / 株: JMP134 / 遺伝子: YP_296387.1, Reut_A2179 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46Z90
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NANODROP, 4.3M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97916, 0.97959, 0.91837

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97916	1
2	0.97959	1
3	0.91837	1

反射

解像度: 1.74→29.298 Å / Num. obs: 45201 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.74-1.79	6.1	0.812	0.9	19877	3257	0.812	100
1.79-1.83	7.5	0.647	1.2	23937	3197	0.647	100
1.83-1.89	9.8	0.558	1.4	30482	3103	0.558	100
1.89-1.95	10.8	0.412	1.8	32350	3006	0.412	100
1.95-2.01	10.8	0.31	2.5	31457	2919	0.31	100
2.01-2.08	10.7	0.251	3	30406	2829	0.251	100
2.08-2.16	10.7	0.197	3.8	29628	2758	0.197	100
2.16-2.25	10.8	0.176	4.2	28332	2631	0.176	100
2.25-2.35	14.5	0.178	4	37274	2562	0.178	100
2.35-2.46	16.7	0.167	4.2	40431	2424	0.167	100
2.46-2.59	19.4	0.156	4.4	45365	2337	0.156	100
2.59-2.75	21.4	0.136	5	47308	2215	0.136	100
2.75-2.94	21.2	0.113	5.9	44266	2091	0.113	100
2.94-3.18	21	0.097	6.4	41092	1954	0.097	100
3.18-3.48	20.7	0.092	6.5	37540	1817	0.092	100
3.48-3.89	20.4	0.079	7.3	34083	1670	0.079	100
3.89-4.49	20.2	0.07	8.3	29858	1480	0.07	100
4.49-5.5	19.8	0.072	7.6	25474	1289	0.072	100
5.5-7.78	18.7	0.08	7.2	19302	1034	0.08	100
7.78-29.298	16.1	0.069	6.4	10142	628	0.069	98

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0069	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.74→29.298 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.367 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	2264	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.175	44869	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0.26 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.298 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2233	0	46	291	2570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.959	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.182	3	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.581	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.25	22.623	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.006	15	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.815	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.973	3	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.58	3	635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.126	5	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.797	8	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.591	11	927

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1873 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
2	B	LOOSE THERMAL	2.35	10

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	170	-
R_work	0.23	3071	-
all	-	3241	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9983	-0.3507	0.1567	0.8873	0.0327	1.1581	0.0504	0.1319	0.0684	-0.0368	-0.0562	0.0008	-0.1294	-0.0211	0.0059	-0.0602	0.012	0.015	-0.0161	0.0106	-0.0489	-11.278	43.4136	7.0606
2	0.8691	-0.2498	-0.0287	0.8007	0.0166	1.3164	0.0564	0.0994	-0.0964	-0.0155	-0.0919	0.0526	0.1137	0.023	0.0355	-0.0754	0.0098	-0.012	-0.0134	-0.0389	-0.027	-25.2817	25.3289	6.6804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 142	1 - 143
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 142	1 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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