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万見
- PDB-3ck0: ANTI-ANTI-IDIOTYPIC ANTIBODY AGAINST HUMAN ANGIOTENSIN II, COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ck0
タイトルANTI-ANTI-IDIOTYPIC ANTIBODY AGAINST HUMAN ANGIOTENSIN II, COMPLEX WITH HUMAN ANGIOTENSIN II
要素
  • PROTEIN (8-MER; HUMAN ANGIOTENSIN II)
  • PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN; HEAVY CHAIN)
  • PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN; LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of extracellular matrix assembly ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of extracellular matrix assembly / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / renal system process / vasoconstriction / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of cholesterol metabolic process / type 1 angiotensin receptor binding / response to angiotensin / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of gap junction assembly / blood vessel remodeling / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / positive regulation of endothelial cell migration / B cell differentiation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / growth factor activity / kidney development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / PPARA activates gene expression / hormone activity / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell-cell signaling / regulation of cell population proliferation / : / G alpha (i) signalling events / regulation of apoptotic process / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensinogen / Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pan, Y.H. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of Angiotensin II and a Phage-Display Selected Cyclic Peptide in Complex with Fab131: Making Angiotensin II Analogs
著者: Pan, Y.H. / Lee, K.H. / Li, M. / Ronco, P. / Amzel, L.M.
履歴
登録1999年6月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN; LIGHT CHAIN)
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN; HEAVY CHAIN)
P: PROTEIN (8-MER; HUMAN ANGIOTENSIN II)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6033
ポリマ－48,6033
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.440, 84.440, 158.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN; LIGHT CHAIN)


分子量: 23904.543 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IGG1, KAPPA / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN; HEAVY CHAIN)


分子量: 23650.486 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IGG1, KAPPA / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (8-MER; HUMAN ANGIOTENSIN II)


分子量: 1048.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SYNTHETIC / 由来: (天然) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P01019*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 10218 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.099

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→8 Å / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2 --
obs0.2 10060 88.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 0 1 3367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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