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- PDB-3cjh: Tim8-Tim13 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjh
タイトルTim8-Tim13 complex
要素
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
キーワードPROTEIN TRANSPORT / cyclic heterohexamer / Chaperone / Inner membrane / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Schmid, E. / Beverly, K.N. / Koehler, C.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2008
タイトル: The Tim8-Tim13 complex has multiple substrate binding sites and binds cooperatively to Tim23
著者: Beverly, K.N. / Sawaya, M.R. / Schmid, E. / Koehler, C.M.
履歴
登録2008年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
C: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
G: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
H: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
I: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
J: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
K: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
L: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,55212
ポリマ-86,55212
非ポリマー00
73941
1
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
C: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2766
ポリマ-43,2766
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-82.2 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
2
G: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
H: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
I: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
J: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8
K: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13
L: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2766
ポリマ-43,2766
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12810 Å2
ΔGint-82.3 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.655, 56.303, 59.837
Angle α, β, γ (deg.)89.18, 89.65, 60.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
71A
81C
91E
101G
111I
121K
131A
141C
151E
161G
171I
181K
191A
201C
211E
221G
231I
241K
12B
22D
32F
42H
52J
62L
72B
82D
92F
102H
112J
122L
132B
142D
152F
162H
172J
182L
192B
202D
212F
222H
232J
242L
13A
23C
33E
43G
53I
63K
14B
24D
34F
44H
54J
64L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEULEULEU1AA49 - 628 - 21
211LEULEULEULEU1CC49 - 628 - 21
311LEULEULEULEU1EE49 - 628 - 21
411LEULEULEULEU1GG49 - 628 - 21
511LEULEULEULEU1II49 - 628 - 21
611LEULEULEULEU1KK49 - 628 - 21
721ALAALATYRTYR1AA72 - 8131 - 40
821ALAALATYRTYR1CC72 - 8131 - 40
921ALAALATYRTYR1EE72 - 8131 - 40
1021ALAALATYRTYR1GG72 - 8131 - 40
1121ALAALATYRTYR1II72 - 8131 - 40
1221ALAALATYRTYR1KK72 - 8131 - 40
1331ARGARGSERSER1AA83 - 9442 - 53
1431ARGARGSERSER1CC83 - 9442 - 53
1531ARGARGSERSER1EE83 - 9442 - 53
1631ARGARGSERSER1GG83 - 9442 - 53
1731ARGARGSERSER1II83 - 9442 - 53
1831ARGARGSERSER1KK83 - 9442 - 53
1941METMETMETMET3AA8241
2041METMETMETMET3CC8241
2141METMETMETMET3EE8241
2241METMETMETMET3GG8241
2341METMETMETMET3II8241
2441METMETMETMET3KK8241
112SERSERHISHIS1BB36 - 3813 - 15
212SERSERHISHIS1DD36 - 3813 - 15
312SERSERHISHIS1FF36 - 3813 - 15
412SERSERHISHIS1HH36 - 3813 - 15
512SERSERHISHIS1JJ36 - 3813 - 15
612SERSERHISHIS1LL36 - 3813 - 15
722GLUGLULEULEU1BB61 - 8338 - 60
822GLUGLULEULEU1DD61 - 8338 - 60
922GLUGLULEULEU1FF61 - 8338 - 60
1022GLUGLULEULEU1HH61 - 8338 - 60
1122GLUGLULEULEU1JJ61 - 8338 - 60
1222GLUGLULEULEU1LL61 - 8338 - 60
1332PHEPHECYSCYS1BB40 - 4817 - 25
1432PHEPHECYSCYS1DD40 - 4817 - 25
1532PHEPHECYSCYS1FF40 - 4817 - 25
1632PHEPHECYSCYS1HH40 - 4817 - 25
1732PHEPHECYSCYS1JJ40 - 4817 - 25
1832PHEPHECYSCYS1LL40 - 4817 - 25
1942GLNGLNGLNGLN3BB3916
2042GLNGLNGLNGLN3DD3916
2142GLNGLNGLNGLN3FF3916
2242GLNGLNGLNGLN3HH3916
2342GLNGLNGLNGLN3JJ3916
2442GLNGLNGLNGLN3LL3916
113ALAALAGLUGLU6AA46 - 485 - 7
213ALAALAGLUGLU6CC46 - 485 - 7
313ALAALAGLUGLU6EE46 - 485 - 7
413ALAALAGLUGLU6GG46 - 485 - 7
513ALAALAGLUGLU6II46 - 485 - 7
613ALAALAGLUGLU6KK46 - 485 - 7
114LYSLYSMETMET5BB30 - 357 - 12
214LYSLYSMETMET5DD30 - 357 - 12
314LYSLYSMETMET5FF30 - 357 - 12
414LYSLYSMETMET5HH30 - 357 - 12
514LYSLYSMETMET5JJ30 - 357 - 12
614LYSLYSMETMET5LL30 - 357 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM13


分子量: 7083.026 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 42-105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIM13 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53299
#2: タンパク質
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM8


分子量: 7342.226 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 24-87 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIM8 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57744
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.63 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 10 mM Tris, pH 8.0, 10 mM NaCl, 3% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月17日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→90 Å / Num. obs: 19026 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 / % possible all: 94.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.3 Å48.4 Å
Translation4.3 Å48.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 32.852 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ELLIPSOIDAL TRUNCATION AND ANISOTROPIC SCALE FACTORS HAVE BEEN APPLIED TO THE STRUCTURE FACTORS AND USED IN REFINEMENT. THE ELLIPSOID HAS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ELLIPSOIDAL TRUNCATION AND ANISOTROPIC SCALE FACTORS HAVE BEEN APPLIED TO THE STRUCTURE FACTORS AND USED IN REFINEMENT. THE ELLIPSOID HAS PRINCIPLE AXES OF 2.5, 2.5, AND 3.1 ANGSTROMS NEAR A*, B*, AND C*, RESPECTIVELY. THE SUBMITTED STRUCTURE FACTOR ARCHIVE CONTAINS THE TRUNCATED/SCALE STRUCTURE FACTORS AND THE ORIGINAL, UNMODIFIED INTENSITIES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28884 777 5.3 %RANDOM
Rwork0.24448 ---
obs0.24691 14640 75.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å2-1.09 Å2-0.02 Å2
2--0.92 Å21.36 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5238 0 0 41 5279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9347115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.20538781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4925647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88525.649262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.899151021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7911530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9523281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.26221306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5335330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57822035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.12931833
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A499tight positional0.030.05
11C499tight positional0.030
11E499tight positional0.030
11G499tight positional0.030
11I499tight positional0.080
11K499tight positional0.030
22B487tight positional0.030.05
22D487tight positional0.020
22F487tight positional0.020
22H487tight positional0.030
22J487tight positional0.020
22L487tight positional0.030
44B36medium positional0.290.5
44D36medium positional0.180.01
44F36medium positional0.20
44H36medium positional0.160
44J36medium positional0.150
44L36medium positional0.190
11A8loose positional0.575
11C8loose positional0.250.62
11E8loose positional0.080.08
11G8loose positional0.230.01
11I8loose positional0.090
11K8loose positional0.070
22B9loose positional0.125
22D9loose positional0.590.56
22F9loose positional0.230.06
22H9loose positional0.120.01
22J9loose positional0.350
22L9loose positional0.20
33A31loose positional15
33C31loose positional1.560.16
33E31loose positional0.740.01
33G31loose positional0.960
33I31loose positional1.640
33K31loose positional0.720
44B56loose positional1.865
44D56loose positional0.890.09
44F56loose positional0.560
44H56loose positional0.780
44J56loose positional0.670
44L56loose positional0.610
11A499tight thermal0.070.5
11C499tight thermal0.070
11E499tight thermal0.070
11G499tight thermal0.060
11I499tight thermal0.070
11K499tight thermal0.070
22B487tight thermal0.070.5
22D487tight thermal0.060
22F487tight thermal0.060
22H487tight thermal0.070
22J487tight thermal0.060
22L487tight thermal0.060
44B36medium thermal0.312
44D36medium thermal0.270.06
44F36medium thermal0.290
44H36medium thermal0.220
44J36medium thermal0.240
44L36medium thermal0.310
11A8loose thermal0.0210
11C8loose thermal0.081.25
11E8loose thermal0.040.16
11G8loose thermal0.040.02
11I8loose thermal0.060
11K8loose thermal0.070
22B9loose thermal0.0310
22D9loose thermal0.051.11
22F9loose thermal0.040.12
22H9loose thermal0.020.01
22J9loose thermal0.030
22L9loose thermal0.030
33A31loose thermal1.710
33C31loose thermal1.470.32
33E31loose thermal1.590.01
33G31loose thermal1.840
33I31loose thermal0.710
33K31loose thermal0.590
44B56loose thermal0.2710
44D56loose thermal0.180.18
44F56loose thermal0.230
44H56loose thermal0.140
44J56loose thermal0.130
44L56loose thermal0.160
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.158 12 -
Rwork0.217 285 -
obs--20.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51861.14840.32790.7588-0.01580.15890.044-0.1693-0.21980.1647-0.0329-0.11560.0162-0.0038-0.01110.1037-0.03430.01370.10730.0220.035541.221627.068838.7111
22.2222-0.9923-0.16520.757-0.06620.07470.01910.16540.177-0.1717-0.0289-0.1256-0.0084-0.0030.00980.11770.01620.00210.1160.02740.036841.24079.622111.2469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA46 - 975 - 56
2X-RAY DIFFRACTION1BB28 - 865 - 63
3X-RAY DIFFRACTION1CC46 - 975 - 56
4X-RAY DIFFRACTION1DD29 - 836 - 60
5X-RAY DIFFRACTION1EE46 - 975 - 56
6X-RAY DIFFRACTION1FF29 - 866 - 63
7X-RAY DIFFRACTION2GG46 - 975 - 56
8X-RAY DIFFRACTION2HH29 - 866 - 63
9X-RAY DIFFRACTION2II46 - 995 - 58
10X-RAY DIFFRACTION2JJ29 - 856 - 62
11X-RAY DIFFRACTION2KK46 - 975 - 56
12X-RAY DIFFRACTION2LL29 - 866 - 63

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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