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- PDB-3cjd: Crystal structure of putative TetR transcriptional regulator (YP_... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjd
タイトルCrystal structure of putative TetR transcriptional regulator (YP_510936.1) from Jannaschia sp. CCS1 at 1.79 A resolution
要素Transcriptional regulator, TetR family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / YP_510936.1 / Putative TetR Transcriptional Regulator / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain (WHG) / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain (WHG) / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STEARIC ACID / Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Jannaschia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative TetR transcriptional regulator (YP_510936.1) from Jannaschia sp. CCS1 at 1.79 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, TetR family
B: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7856
ポリマ－44,1452
非ポリマー6404
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.283, 46.044, 60.761
Angle α, β, γ (deg.)99.230, 100.390, 104.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AUTHORS STATE THAT THE CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, TetR family


分子量: 22072.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jannaschia sp. (バクテリア) / 株: CCS1 / 遺伝子: YP_510936.1, Jann_2994 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q28N01
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NANODROP, 0.457M Ammonium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97961 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月12日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→29.801 Å / Num. obs: 32780 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.696 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.79-1.843.90.7551463911870.75541.6
1.84-1.893.90.6081.3534013620.60850.1
1.89-1.943.90.4481.7641516360.44861.2
1.94-23.90.3432.2802320490.34377.6
2-2.0740.32.6947323860.396
2.07-2.1440.2243.4940123740.22496.3
2.14-2.2240.1814.2906122810.18196.5
2.22-2.313.90.1664.4859421770.16696.5
2.31-2.4140.1276841821240.12796.7
2.41-2.5340.1087795420050.10897
2.53-2.6740.0967.8753919030.09697.1
2.67-2.8340.0828.9721118210.08297.5
2.83-3.0340.0710680917180.0797.6
3.03-3.273.90.05712.1630316000.05797.7
3.27-3.583.90.05112.3576614680.05198.1
3.58-43.90.04713.9515513200.04798.2
4-4.623.90.04315467311940.04398.3
4.62-5.663.90.04614.138669950.04698.5
5.66-8.013.80.0541229027630.05499
8.01-29.8013.80.04412.315784170.04496.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→29.801 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.257 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. STEARIC ACID (STE) HAS BEEN MODELED IN EACH MONOMER BASED ON THE SHAPE OF THE DENSITY. HOWEVER, THIS COULD BE SOME OTHER LIGAND. 5. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.90 A WITH 2943 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.90-1.79 (46.8% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1640 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 32777 85.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20.24 Å2-0.05 Å2
2---1.27 Å2-0.19 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→29.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2821 0 42 239 3102
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.983965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.68234903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1785368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.74823.282131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.11515489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3161525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1590.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1140.21958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.140.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0690.21431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0890.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.67422191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2812740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26342900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24541195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.43661061
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 59 -
Rwork0.27 1127 -
all-1186 -
obs--41.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5418-0.2517-0.15970.71450.5752.0867-0.04030.04420.0055-0.0346-0.01670.03770.1405-0.0550.057-0.0661-0.00530.0185-0.03370.0180.007817.582-9.75144.375
21.1076-0.3376-0.02490.6795-0.67371.99950.04620.0837-0.018-0.0067-0.0244-0.0324-0.19230.0442-0.0219-0.05710.0011-0.0313-0.0313-0.0256-0.038519.88614.70645.659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 7510 - 76
2X-RAY DIFFRACTION1AA84 - 19785 - 198
3X-RAY DIFFRACTION2BB10 - 7711 - 78
4X-RAY DIFFRACTION2BB84 - 19685 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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