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- PDB-3cis: The Crystal Structure of Rv2623 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cis
タイトルThe Crystal Structure of Rv2623 from Mycobacterium tuberculosis
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha/beta hydrolase / ATP / universal stress protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy entry of symbiont in host / regulation of growth / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12370 / Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Universal stress protein MT2698 / Universal stress protein Rv2623
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bilder, P. / Drumm, J. / Mi, K. / Chan, J. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Rv2623 : a Novel, Tandem-Repeat Universal Stress Protein of Mycobacterium tuberculosis
著者: Drumm, J. / Mi, K. / Bilder, P. / Almo, S.C. / Chan, J.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,22940
ポリマ-264,7258
非ポリマー8,50432
6,467359
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30710
ポリマ-66,1812
非ポリマー2,1268
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30710
ポリマ-66,1812
非ポリマー2,1268
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30710
ポリマ-66,1812
非ポリマー2,1268
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30710
ポリマ-66,1812
非ポリマー2,1268
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.975, 241.480, 241.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12A
22C
32E
42G
13A
23C
33E
43G
14B
24D
34F
44H
15B
25D
35F
45H
16B
26D
36F
46H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1112AA8 - 458 - 45
2112CC8 - 458 - 45
3112EE8 - 458 - 45
4112GG8 - 458 - 45
1212AA88 - 14788 - 147
2212CC88 - 14788 - 147
3212EE88 - 14788 - 147
4212GG88 - 14788 - 147
1312AA162 - 201162 - 201
2312CC162 - 201162 - 201
3312EE162 - 201162 - 201
4312GG162 - 201162 - 201
1412AA231 - 250231 - 250
2412CC231 - 250231 - 250
3412EE231 - 250231 - 250
4412GG231 - 250231 - 250
1512AA258 - 293258 - 293
2512CC258 - 293258 - 293
3512EE258 - 293258 - 293
4512GG258 - 293258 - 293
1124AA60 - 8760 - 87
2124CC60 - 8760 - 87
3124EE60 - 8760 - 87
4124GG60 - 8760 - 87
1224AA148 - 161148 - 161
2224CC148 - 161148 - 161
3224EE148 - 161148 - 161
4224GG148 - 161148 - 161
1324AA212 - 222212 - 222
2324CC212 - 222212 - 222
3324EE212 - 222212 - 222
4324GG212 - 222212 - 222
1424AA224 - 229224 - 229
2424CC224 - 229224 - 229
3424EE224 - 229224 - 229
4424GG224 - 229224 - 229
1524AA251 - 257251 - 257
2524CC251 - 257251 - 257
3524EE251 - 257251 - 257
4524GG251 - 257251 - 257
1135AA46 - 5946 - 59
2135CC46 - 5946 - 59
3135EE46 - 5946 - 59
4135GG46 - 5946 - 59
1235AA202 - 211202 - 211
2235CC202 - 211202 - 211
3235EE202 - 211202 - 211
4235GG202 - 211202 - 211
1142BB8 - 458 - 45
2142DD8 - 458 - 45
3142FF8 - 458 - 45
4142HH8 - 458 - 45
1242BB88 - 14788 - 147
2242DD88 - 14788 - 147
3242FF88 - 14788 - 147
4242HH88 - 14788 - 147
1342BB162 - 201162 - 201
2342DD162 - 201162 - 201
3342FF162 - 201162 - 201
4342HH162 - 201162 - 201
1442BB231 - 250231 - 250
2442DD231 - 250231 - 250
3442FF231 - 250231 - 250
4442HH231 - 250231 - 250
1542BB258 - 293258 - 293
2542DD258 - 293258 - 293
3542FF258 - 293258 - 293
4542HH258 - 293258 - 293
1154BB60 - 6760 - 67
2154DD60 - 6760 - 67
3154FF60 - 6760 - 67
4154HH60 - 6760 - 67
1254BB148 - 154148 - 154
2254DD148 - 154148 - 154
3254FF148 - 154148 - 154
4254HH148 - 154148 - 154
1354BB160 - 161160 - 161
2354DD160 - 161160 - 161
3354FF160 - 161160 - 161
4354HH160 - 161160 - 161
1454BB212 - 222212 - 222
2454DD212 - 222212 - 222
3454FF212 - 222212 - 222
4454HH212 - 222212 - 222
1554BB224 - 229224 - 229
2554DD224 - 229224 - 229
3554FF224 - 229224 - 229
4554HH224 - 229224 - 229
1654BB251 - 257251 - 257
2654DD251 - 257251 - 257
3654FF251 - 257251 - 257
4654HH251 - 257251 - 257
1165BB46 - 4746 - 47
2165DD46 - 4746 - 47
3165FF46 - 4746 - 47
4165HH46 - 4746 - 47
1265BB57 - 5957 - 59
2265DD57 - 5957 - 59
3265FF57 - 5957 - 59
4265HH57 - 5957 - 59
1365BB202 - 211202 - 211
2365DD202 - 211202 - 211
3365FF202 - 211202 - 211
4365HH202 - 211202 - 211

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein / Universal stress protein family


分子量: 33090.594 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
: K-12 / 遺伝子: TB31.7 / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06189, UniProt: P9WFD7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 29% polyacrylate 5100, 100mM sodium citrate, 20mM MgCl2, 200mM MES, pH 5.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 121857 / Num. obs: 121857 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.013 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 95.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å49.58 Å
Translation4 Å49.58 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 124194
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
15.18-10031.80.646847
10.73-15.1827.30.8311510
8.76-10.73240.8841903
7.59-8.7626.90.8842257
6.79-7.5928.20.8512518
6.2-6.7929.10.8392773
5.74-6.227.20.8393028
5.37-5.7425.40.8643246
5.06-5.3725.30.843427
4.8-5.0621.90.8823611
4.58-4.819.90.8993818
4.38-4.5819.70.8893967
4.21-4.3821.40.8844146
4.06-4.2122.70.884303
3.92-4.0626.10.8514410
3.79-3.9226.50.8224634
3.68-3.7924.50.8444730
3.58-3.6824.60.8444876
3.48-3.5825.50.8595020
3.39-3.4825.40.8215118
3.31-3.3927.30.8185264
3.24-3.3126.60.8325405
3.16-3.2427.40.8445485
3.1-3.1628.60.8085631
3.04-3.128.70.8145733
2.98-3.0429.90.7925865
2.92-2.9831.30.7985989
2.87-2.9234.90.7656068
2.8-2.8741.90.6988612

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
直接法6位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TQ8
解像度: 2.9→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 12.897 / SU ML: 0.246 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.551 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26817 5560 5 %RANDOM
Rwork0.25047 ---
obs0.25136 105356 99.02 %-
all-121857 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.57 Å20 Å20 Å2
2---2.96 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17267 0 512 359 18138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02218163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9791.99224973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.58552289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25823.067714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.893152711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.84915168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.22948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.38748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.512437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.51070
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3370.518
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.637211636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.272318520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71927385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.24236453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
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1A776tight positional0.020
1A776tight positional0.020
1A776tight positional0.020
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4B772tight positional0.020
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1A641medium positional0.120
1A641medium positional0.130
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2A525medium positional0.190
2A525medium positional0.230
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6B52medium positional0.450
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2A525medium thermal0.130
2A525medium thermal0.140
2A525medium thermal0.120
3A96medium thermal0.072
3A96medium thermal0.090.02
3A96medium thermal0.070
3A96medium thermal0.070
4B639medium thermal0.012
4B639medium thermal0.010
4B639medium thermal0.010
4B639medium thermal0.010
5B333medium thermal0.122
5B333medium thermal0.080.01
5B333medium thermal0.10
5B333medium thermal0.080
6B52medium thermal0.092
6B52medium thermal0.10.04
6B52medium thermal0.050
6B52medium thermal0.080
3A92loose thermal0.0910
3A92loose thermal0.110.11
3A92loose thermal0.10
3A92loose thermal0.070
6B48loose thermal0.1110
6B48loose thermal0.080.21
6B48loose thermal0.080
6B48loose thermal0.070
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 418 -
Rwork0.35 7656 -
obs--97.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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