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万見
- PDB-3cim: Carboxysome shell protein, CcmK2 C-terminal deletion mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cim
タイトルCarboxysome shell protein, CcmK2 C-terminal deletion mutant
要素Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / hexamer
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC ...Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CcmK2
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Insights from multiple structures of the shell proteins from the beta-carboxysome.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Phillips, M. / Yeates, T.O.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
C: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3088
ポリマ－31,8393
非ポリマー4685
水6,233346
1
B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
C: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
ヘテロ分子

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
C: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
ヘテロ分子

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
C: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,51915
ポリマ－63,6796
非ポリマー8419
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area14050 Å2
ΔGint-114.7 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
2
A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,80818
ポリマ－63,6796
非ポリマー1,12912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area13540 Å2
ΔGint-79.9 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.802, 120.802, 29.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 2


分子量: 10613.096 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: ccmK2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P72761
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1M CHES, 1.26M ammonium sulfate, 0.15M NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADXV quantum Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→90 Å / Num. obs: 58974 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.3-1.353.10.58659571.078199.4
1.35-1.43.10.36359700.931199.2
1.4-1.463.10.31559291.046198.9
1.46-1.543.10.20959621.001198.8
1.54-1.643.20.1459270.976199.1
1.64-1.763.30.10959420.99199
1.76-1.943.20.10559311.01197.7
1.94-2.223.40.07259851.002198.6
2.22-2.83.60.06359971.057198.6
2.8-903.50.05953740.965185.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å52.31 Å
Translation3.5 Å52.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→52.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.065 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2978 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 58523 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→52.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 28 346 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.9553185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2125338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.98222.47393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13215394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.911523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.25221488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.24432437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.862828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5313717
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.87132316
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.4223346
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.68632259
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 216 -
Rwork0.306 3887 -
all-4103 -
obs--91.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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