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- PDB-3chm: Crystal structure of PCI domain from A. thaliana COP9 signalosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3chm
タイトルCrystal structure of PCI domain from A. thaliana COP9 signalosome subunit 7 (CSN7)
要素COP9 signalosome complex subunit 7
キーワードPLANT PROTEIN / HEAT/ARM repeats / winged helix motif / Developmental protein / Nucleus / Phosphoprotein / Phytochrome signaling pathway / Signalosome
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / red, far-red light phototransduction / protein deneddylation / COP9 signalosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COP9 signalosome complex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dessau, M. / Hirsch, J.A.
引用
ジャーナル: Plant Cell / 年: 2008
タイトル: The Arabidopsis COP9 signalosome subunit 7 is a model PCI domain protein with subdomains involved in COP9 signalosome assembly
著者: Dessau, M. / Halimi, Y. / Erez, T. / Chomsky-Hecht, O. / Chamovitz, D.A. / Hirsch, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Expression, purification and crystallization of a PCI domain from the COP9 signalosome subunit 7 (CSN7)
著者: Dessau, M. / Chamovitz, D.A. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0306
ポリマ－18,8051
非ポリマー2265
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.094, 85.796, 72.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-398-

HOH

21A-418-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 7 / CSN complex subunit 7 / Protein FUSCA 5


分子量: 18804.594 Da / 分子数: 1 / 断片: PCI domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FUS5 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner DE3 codon(+) / 参照: UniProt: Q94JU3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 23% w/v PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate (pH 7.2), 0.06-0.08M Mg-acetate tetrahydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンESRF BM1620.97944, 0.97967
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年11月30日
MAR CCD 165 mm2CCD2005年9月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.979441
30.979671
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 28989 / Num. obs: 28844 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 47.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 2763 / Rsym value: 0.269 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→36.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.198 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19996 1186 4.1 %RANDOM
Rwork0.16413 ---
all0.16559 28708 --
obs0.16559 27494 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.727 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 14 244 1524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9942023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99932475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2885199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.26225.15266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.02815272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.597159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.05531222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3343360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23151517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4397610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.51810504
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 98 -
Rwork0.176 1932 -
obs-2450 96.25 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2246 Å / Origin y: -1.2859 Å / Origin z: 13.8651 Å
111213212223313233
T-0.0161 Å20 Å2-0.0044 Å2--0.0141 Å20.0096 Å2---0.0266 Å2
L0.6955 °2-0.2296 °2-0.3397 °2-0.4333 °20.1784 °2--0.5314 °2
S0.0019 Å °-0.0307 Å °-0.0227 Å °0.0074 Å °-0.0099 Å °0.0377 Å °0.0436 Å °0.0184 Å °0.008 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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