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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ch9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aspergillus fumigatus chitinase B1 in complex with dimethylguanylurea | ||||||
![]() | Chitinase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / (beta-alpha)8 barrel / chitinase / peptide inhibitors / hydrolase / Glycosidase / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Andersen, O.A. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based dissection of the natural product cyclopentapeptide chitinase inhibitor argifin. 著者: Andersen, O.A. / Nathubhai, A. / Dixon, M.J. / Eggleston, I.M. / van Aalten, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47661.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Tris/HCl, Li2SO4, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 68966 / Num. obs: 67434 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Known phases 開始モデル: PDB entry 1W9V 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å /
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