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万見
- PDB-3ch4: The Crystal Structure of Human Phosphomavelonate Kinase At 1.8 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ch4
タイトルThe Crystal Structure of Human Phosphomavelonate Kinase At 1.8 A Resolution
要素Phosphomevalonate kinase
キーワードTRANSFERASE / parallel beta-sheet with the strand order 23145 / Walker A motif / Cholesterol biosynthesis / Kinase / Lipid synthesis / Peroxisome / Steroid biosynthesis / Sterol biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphomevalonate kinase activity / phosphomevalonate kinase / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / response to cholesterol / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome / extracellular exosome ...phosphomevalonate kinase activity / phosphomevalonate kinase / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / response to cholesterol / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Higher eukaryotic phosphomevalonate kinase / Phosphomevalonate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphomevalonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Liang, D.-C. / Chang, Q. / Yan, X.-X. / Gu, S.-Y.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human phosphomavelonate kinase at 1.8 A resolution
著者: Chang, Q. / Yan, X.-X. / Gu, S.-Y. / Liu, J.-F. / Liang, D.-C.
履歴
登録2008年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphomevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6675
ポリマ－23,2381
非ポリマー4284
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.140, 32.625, 61.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphomevalonate kinase / PMKase


分子量: 23238.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q15126, phosphomevalonate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.77 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 15-20% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 15% (v/v) MPD, 0.1M Hepes, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→8 Å / Num. all: 17293 / Num. obs: 16987 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 4.1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1598 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.221 1698 RANDOM
Rwork0.199 --
all0.209 17293 -
obs0.199 16987 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 10 164 1689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.523
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.178
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.851
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1698 -
Rwork0.199 --
obs-16987 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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