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万見
- PDB-3cez: Crystal structure of methionine-R-sulfoxide reductase from Burkho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cez
タイトルCrystal structure of methionine-R-sulfoxide reductase from Burkholderia pseudomallei
要素Methionine-R-sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / BURKHOLDERIA / MSRB / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / response to oxidative stress / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Staker, B. / Napuli, A. / Nakazawa, S.H. / Castaneda, L. / Alkafeef, S. / Vanvoorhis, W. / Stewart, L. / Myler, P. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Methionine-R-sulfoxide reductase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Staker, B. / Napuli, A. / Nakazawa, S.H. / Castaneda, L. / Alkafeef, S. / Vanvoorhis, W. / Stewart, L. / Myler, P.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-R-sulfoxide reductase
B: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2506
ポリマ－36,9992
非ポリマー2514
水4,017223
1
A: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6253
ポリマ－18,5001
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6253
ポリマ－18,5001
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.093, 45.782, 45.812
Angle α, β, γ (deg.)87.35, 83.22, 69.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Methionine-R-sulfoxide reductase


分子量: 18499.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: msrB, BURPS1710b_2458 / プラスミド: AVA0421 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JRF0, EC: 1.8.4.6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% Ethanol, 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Zn(OAc)2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月26日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→31.42 Å / Num. obs: 17575 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.21
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1583 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1L1D

1l1d


解像度: 2.1→31.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 4.091 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23367 892 5.1 %RANDOM
Rwork0.17612 ---
obs0.17896 16682 94.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å2-0.92 Å2-0.13 Å2
2--0.39 Å2-0.01 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 10 223 2271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.9432853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91133392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.525258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.05523.458107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43915310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8251514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8161.51387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22522072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7633895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4684.5781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 49
Rwork0.185 1016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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