- PDB-3ce2: Crystal structure of putative peptidase from Chlamydophila abortus -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3ce2
タイトル
Crystal structure of putative peptidase from Chlamydophila abortus
要素
Putative peptidase
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putative peptidase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報
metalloendopeptidase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 16 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 5418 / Χ2: 0.461 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.004
データ抽出
MAR345dtb
データ収集
HKL-2000
データ削減
SHELXD
位相決定
SHELXE
モデル構築
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→36.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.691 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The Friedel pairs were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.246
1474
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.192
-
-
-
all
0.195
28978
-
-
obs
0.195
28978
99.86 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK