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- PDB-3cdk: Crystal structure of the co-expressed succinyl-CoA transferase A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cdk
タイトルCrystal structure of the co-expressed succinyl-CoA transferase A and B complex from Bacillus subtilis
要素
  • Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A
  • Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B
キーワードTRANSFERASE / CO-EXPRESSED COMPLEX / HETERO-TETRAMER / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / CoA-transferase activity
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase ...Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase subunit A / Probable succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Donnelly, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the co-expressed succinyl-CoA transferase A and B complex from Bacillus subtilis.
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Donnelly, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B
C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A
D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6674
ポリマ－98,6674
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-60.7 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.337, 70.404, 97.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.31, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A / Succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase / OXCT A


分子量: 25704.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: scoA, yxjD, BSU38990, N15K / プラスミド: pMCSG17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42315, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: タンパク質 Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B / Succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase / OXCT B


分子量: 23629.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: scoB, yxjE, BSU38980, N15L / プラスミド: pMCSG21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42316, 3-oxoacid CoA-transferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M tri-Sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% Isopropanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.3 Å / Num. all: 28084 / Num. obs: 28084 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M3E

1m3e


解像度: 2.59→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 24.492 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Native data set has been used for structure determination.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25278 1417 5 %RANDOM
Rwork0.19257 ---
obs0.19564 28069 99.21 %-
all-28069 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.03 Å20 Å2-0.53 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6605 0 0 115 6720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.9699028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9765874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.35625.164275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.442151224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1681535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.23433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.24433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5981.54298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41426888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2632398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5694.52140
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 108 -
Rwork0.226 1827 -
obs--94.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0627-0.0037-0.03890.00020.00230.0242-0.0167-0.01030.01810.02430.0099-0.0049-0.0106-0.01470.0068-0.0319-0.00520.01390.05210.0018-0.0207-16.7413.052-18.227
20.07530.0523-0.00830.1037-0.07040.06290.0017-0.0151-0.0195-0.0160.00340.00620.0161-0.0048-0.0051-0.02270.00170.01180.06490-0.0217-19.693-14.943-19.163
30.14020.0158-0.0120.0086-0.01990.0514-0.01610.0183-0.0010.03550.0040.00520.01740.00370.0121-0.0356-0.00260.0130.05180.0026-0.0328-46.096.639-31.665
40.2882-0.0021-0.097300.00050.0802-0.01130.0180.14160.01510.0128-0.0284-0.05470.0142-0.0014-0.01160.00160.00050.07290.00450.0334-46.16432.755-23.624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 2325 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 2134 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 2314 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 2105 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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