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- PDB-3cbb: Crystal Structure of Hepatocyte Nuclear Factor 4alpha in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cbb
タイトルCrystal Structure of Hepatocyte Nuclear Factor 4alpha in complex with DNA: Diabetes Gene Product
要素
  • (Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA) x 2
  • Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / zinc finger / protein-DNA complex / diabetes / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth hormone receptor signaling pathway / ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / lipid homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells ...regulation of growth hormone receptor signaling pathway / ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / lipid homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of lipid metabolic process / response to glucose / regulation of insulin secretion / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth / lipid metabolic process / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / blood coagulation / rhythmic process / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lu, P. / Rha, G.B. / Melikishvili, M. / Adkins, B.C. / Fried, M.G. / Chi, Y.I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of natural promoter recognition by a unique nuclear receptor, HNF4alpha. Diabetes gene product.
著者: Lu, P. / Rha, G.B. / Melikishvili, M. / Wu, G. / Adkins, B.C. / Fried, M.G. / Chi, Y.I.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization of Hepatocyte Nuclear Factor 4alpha (HNF4alpha) in complex with the HNF1alpha Promoter Element
著者: Lu, P. / Liu, J. / Melikishvili, M. / Fried, M.G. / Chi, Y.-I.
履歴
登録2008年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA
D: Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA
A: Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain
B: Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2608
ポリマ－30,9994
非ポリマー2624
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.628, 35.425, 70.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA


分子量: 6407.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA


分子量: 6478.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain / HNF-4-alpha / Transcription factor HNF-4 / Nuclear receptor subfamily 2 group A member 1 / ...HNF-4-alpha / Transcription factor HNF-4 / Nuclear receptor subfamily 2 group A member 1 / Transcription factor 14


分子量: 9056.581 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF4A, HNF4, NR2A1, TCF14 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41235
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 26% PEG 4000, 80mM Magnesium acetate, 50mM Sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Magnesium acetate11
3Sodium citrate11
4PEG 400012
5Magnesium acetate12
6Sodium citrate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.92017 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月20日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Monochromator High-Resolution Double-Crystal SI (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92017 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 17094 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.299 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Num. unique all: 1294 / Χ2: 0.886 / % possible all: 72.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.514 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.385
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å30.33 Å
Translation3 Å30.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / FOM work R set: 0.839 / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.252 811
Rwork0.213 -
obs-16841
原子変位パラメータBiso mean: 28.169 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 855 4 157 2246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.031
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.506
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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