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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cb7 | ||||||
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タイトル | The crystallographic structure of the digestive lysozyme 2 from Musca domestica at 1.9 Ang. | ||||||
![]() | Lys-rich lysozyme 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Digestive lysozyme 2 / Musca domestica / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cancado, F.C. / Valerio, A.A. / Marana, S.R. / Barbosa, J.A.R.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystallographic structure of the digestive lysozyme 2 from Musca domestica at 1.9 Ang. 著者: Marana, S.R. / Cancado, F.C. / Valerio, A.A. / Ferreira, C. / Terra, W.R. / Barbosa, J.A.R.G. #1: ![]() タイトル: Crystallization, data collection and phasing of two digestive lysozymes from Musca domestica 著者: Marana, S.R. / Cancado, F.C. / Valerio, A.A. / Ferreira, C. / Terra, W.R. / Barbosa, J.A.R.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fbdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14305.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: The 3 uL drop was formed by 1.5 uL of protein solution at 9.8 mg/mL in 10 mM MES pH 5.5 plus 1.3 uL of 28% 2-propanol, 0.115 M sodium citrate pH 4.2 and 21% PEG 4000 plus 0.2 uL of 0.2 M ...詳細: The 3 uL drop was formed by 1.5 uL of protein solution at 9.8 mg/mL in 10 mM MES pH 5.5 plus 1.3 uL of 28% 2-propanol, 0.115 M sodium citrate pH 4.2 and 21% PEG 4000 plus 0.2 uL of 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6 and 30% MPD., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.427 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 17698 / Num. obs: 17698 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1423 / % possible all: 74.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2fbd 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 15.216 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.144 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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