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- PDB-3cb5: Crystal Structure of the S. pombe Peptidase Homology Domain of FA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cb5
タイトルCrystal Structure of the S. pombe Peptidase Homology Domain of FACT complex subunit Spt16 (form A)
要素FACT complex subunit spt16
キーワードTRANSCRIPTION / peptidase homology domain / histone binding module / histone H3/H4 chaperone / pita-bread fold / Chromosomal protein / DNA damage / DNA repair / DNA replication / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


H2A-H2B histone complex chaperone activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / constitutive heterochromatin formation / FACT complex / histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome organization / transcription elongation-coupled chromatin remodeling ...H2A-H2B histone complex chaperone activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / constitutive heterochromatin formation / FACT complex / histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome organization / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / chromatin organization / DNA replication / DNA repair / nucleus
類似検索 - 分子機能
FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit SPT16 PH-like domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain ...FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit SPT16 PH-like domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / PH-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FACT complex subunit spt16
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Stuwe, T. / Hothorn, M. / Lejeune, E. / Bortfeld-Miller, M. / Scheffzek, K. / Ladurner, A.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: The FACT Spt16 "peptidase" domain is a histone H3-H4 binding module
著者: Stuwe, T. / Hothorn, M. / Lejeune, E. / Rybin, V. / Bortfeld, M. / Scheffzek, K. / Ladurner, A.G.
履歴
登録2008年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FACT complex subunit spt16
B: FACT complex subunit spt16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7273
ポリマ－100,4442
非ポリマー2821
水8,125451
1
A: FACT complex subunit spt16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5052
ポリマ－50,2221
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FACT complex subunit spt16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2221
ポリマ－50,2221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.070, 101.650, 103.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 FACT complex subunit spt16 / Facilitates chromatin transcription complex subunit spt16


分子量: 50222.246 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, UNP residues 1-442 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: spt16 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: O94267
#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13% PEG 2000, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1610.931
シンクロトロンSLS X06SA20.980, 0.976, 0.907
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年2月28日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年1月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9311
20.981
30.9761
40.9071
反射解像度: 2.05→72.55 Å / Num. all: 65005 / Num. obs: 64731 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.65 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 10275 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→46.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 10.872 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24466 3292 5.1 %RANDOM
Rwork0.20562 ---
all0.208 61740 --
obs0.20767 61555 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6996 0 19 451 7466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9729688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.399312018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1825889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28625.077325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74151311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8041531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5031.54403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1271.51798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92627112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84732766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5764.52572
LS精密化 シェル解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 260 -
Rwork0.265 4413 -
obs--98.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3407-0.79920.74813.10860.19822.41950.12710.1166-0.3014-0.02990.0463-0.17330.39690.1855-0.1734-0.13630.0257-0.0619-0.1254-0.0221-0.11447.09067.143245.7558
22.8288-0.34860.24211.63090.12811.75180.08880.34310.0158-0.3984-0.08950.1254-0.0539-0.07340.0007-0.11050.0201-0.0362-0.1988-0.0109-0.157121.617824.672628.3814
32.75920.6317-0.40992.70630.00552.24960.0941-0.57120.0290.2466-0.077-0.2256-0.08230.1446-0.0171-0.0518-0.03390.03550.04990.03260.033670.74317.277717.6811
43.30280.54081.06231.78590.24411.6783-0.0187-0.0044-0.1746-0.2434-0.02440.010.0627-0.06940.0431-0.07810.02390.0846-0.23770.0413-0.038849.22090.5641-4.7651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 1771 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2AA178 - 442180 - 444
3X-RAY DIFFRACTION3BB0 - 1672 - 169
4X-RAY DIFFRACTION4BB168 - 442170 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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