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- PDB-3car: REDUCED STRUCTURE OF THE ACIDIC CYTOCHROME C3 FROM DESULFOVIBRIO ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3car
タイトルREDUCED STRUCTURE OF THE ACIDIC CYTOCHROME C3 FROM DESULFOVIBRIO AFRICANUS
要素CYTOCHROME C3
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME C3 / TETRAHEME / REDUCED FORM / DESULFOVIBRIO AFRICANUS
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Acidic cytochrome c3
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio africanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Norager, S. / Legrand, P. / Pieulle, L. / Hatchikian, C. / Roth, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the oxidised and reduced acidic cytochrome c3from Desulfovibrio africanus.
著者: Norager, S. / Legrand, P. / Pieulle, L. / Hatchikian, C. / Roth, M.
#1: ジャーナル: Thesis, Universite Joseph Fourier / 年: 1998
タイトル: Crystallographic Studies of the Two Tetraheme Cytochromes C3 from Desulfovibrio Africanus
著者: Norager, S.C.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997
タイトル: Further Characterization of the Two Tetraheme Cytochromes C3 from Desulfovibrio Africanus: Nucleotide Sequences, Epr Spectroscopy and Biological Activity
著者: Magro, V. / Pieulle, L. / Forget, N. / Guigliarelli, B. / Petillot, Y. / Hatchikian, E.C.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1996
タイトル: Biochemical Studies of the C-Type Cytochromes of the Sulfate Reducer Desulfovibrio Africanus. Characterization of Two Tetraheme Cytochromes C3 with Different Specificity
著者: Pieulle, L. / Haladjian, J. / Bonicel, J. / Hatchikian, E.C.
履歴
登録1998年11月17日処理サイト: BNL
改定 1.02000年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,23112
ポリマ－11,2781
非ポリマー2,95211
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,92348
ポリマ－45,1134
非ポリマー11,80944
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-920 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.657, 107.657, 107.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-110-

ARS

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C3


分子量: 11278.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio africanus (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 株: BENGHAZI / 参照: UniProt: P94690
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / アルシン


分子量: 74.922 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.80
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
PH range low: 5.8 / PH range high: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
26-8 %(w/v)PEG80001reservoir
30.05 Mzinc acetate1reservoir
40.1 Mcacodylate 1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 108.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 1.0057
検出器タイプ: THOMSON/PRINCETON JNSJR / 検出器: CCD AREA DETECTOR / 日付: 1998年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→29 Å / Num. obs: 17501 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 32.4 % / Biso Wilson estimate: 21.12 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.531 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.4 % / Rmerge(I) obs: 0.531

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OXIDISED FORM OF THE SAME PROTEIN

解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15
詳細: RESIDUES WITH AN OCCUPANCY LOWER THAN 1.0, ARE REFINED WITH THE GIVEN OCCUPANCY. THIS OCCUPANCY HAS BEEN ESTABLISHED MANUALLY TO AVOID POSITIVE OR NEGATIVE PEAKS IN THE FOBS-FCALC DENSITY MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 -10 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-16485 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数786 0 179 159 1124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.035
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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