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万見
- PDB-3ca9: Evolution of chlorella virus dUTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ca9
タイトルEvolution of chlorella virus dUTPase
要素Deoxyuridine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / dUTPase Chlorella Virus
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dUTP diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus IL3A (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yamanishi, M. / Homma, K. / Zhang, Y. / Etten, L.V.J. / Moriyama, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and crystal-packing studies of Chlorella virus deoxyuridine triphosphatase.
著者: Homma, K. / Moriyama, H.
履歴
登録2008年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine triphosphatase
B: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9056
ポリマ－35,0802
非ポリマー8254
水34219
1
A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8579
ポリマ－52,6203
非ポリマー1,2376
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area9450 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
2
B: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

B: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

B: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8579
ポリマ－52,6203
非ポリマー1,2376
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area9630 Å2
ΔGint-37.3 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.647, 105.647, 105.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-998-

MG

21B-999-

MG

31A-999-

HOH

41B-1001-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine triphosphatase


分子量: 17539.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus IL3A (ウイルス)
プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-pLys / 参照: UniProt: Q5I3E5, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUD / DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 388.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG1450, 5mM magnesium chloride, 50mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 1% glycerol, 2mM dUDP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 8218 / Num. obs: 8200 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 808 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 3073620.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 865 10.7 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.232 8099 --
obs0.232 8099 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.9855 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1907 0 50 19 1976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 141 10.7 %
Rwork0.395 1176 -
obs-1317 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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