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万見
- PDB-3c3i: Evolution of chlorella virus dUTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3i
タイトルEvolution of chlorella virus dUTPase
要素Deoxyuridine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / dUTPase Chlorella virus
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dUTP diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus IL3A (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yamanishi, M. / Homma, K. / Zhang, Y. / Etten, L.V.J. / Moriyama, H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and crystal-packing studies of Chlorella virus deoxyuridine triphosphatase.
著者: Homma, K. / Moriyama, H.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2005
タイトル: Chlorella virus-encoded deoxyuridine triphosphatases exhibit different temperature optima.
著者: Zhang, Y. / Moriyama, H. / Homma, K. / Van Etten, J.L.
履歴
登録2008年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine triphosphatase
B: Deoxyuridine triphosphatase
C: Deoxyuridine triphosphatase
D: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,90110
ポリマ－59,3004
非ポリマー1,6016
水36020
1
A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7129
ポリマ－44,4753
非ポリマー1,2376
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10310 Å2
手法PISA
2
B: Deoxyuridine triphosphatase
C: Deoxyuridine triphosphatase
D: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6647
ポリマ－44,4753
非ポリマー1,1894
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.069, 132.069, 53.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-998-

MG

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要素

#1: タンパク質
Deoxyuridine triphosphatase


分子量: 14824.925 Da / 分子数: 4 / 変異: E81S, T84R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus IL3A (ウイルス)
株: MU-22 / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-pLys / 参照: UniProt: Q5I3E5, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-DUD / DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 388.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG1500, 50mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 2mM dUDP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19947 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→33.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 413776.68 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1059 9.8 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 10768 99 %-
all-21086 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.8395 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.49 Å20 Å20 Å2
2---7.49 Å20 Å2
3---14.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→33.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3935 0 98 20 4053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.222.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 157 9 %
Rwork0.256 1578 -
obs--97.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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