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万見
- PDB-3c9i: Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c9i
タイトルStructure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas
要素Tail needle protein gp26
キーワードVIRAL PROTEIN / P22 / Tail-Needle / Xenon / Coiled-Coil / Protein Fiber / Coiled coil / Late protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #940 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Tail needle protein gp26
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteriophage P22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cingolani, G. / Olia, A.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural plasticity of the phage P22 tail needle gp26 probed with xenon gas.
著者: Olia, A.S. / Casjens, S. / Cingolani, G.
履歴
登録2008年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail needle protein gp26
B: Tail needle protein gp26
C: Tail needle protein gp26
D: Tail needle protein gp26
E: Tail needle protein gp26
F: Tail needle protein gp26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,83224
ポリマ－153,8436
非ポリマー1,98918
水28,6441590
1
A: Tail needle protein gp26
B: Tail needle protein gp26
C: Tail needle protein gp26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,91612
ポリマ－76,9213
非ポリマー9959
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30440 Å2
ΔGint-183.1 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
2
D: Tail needle protein gp26
E: Tail needle protein gp26
F: Tail needle protein gp26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,91612
ポリマ－76,9213
非ポリマー9959
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28380 Å2
ΔGint-170.4 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.539, 114.531, 172.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tail needle protein gp26 / Packaged DNA stabilization protein


分子量: 25640.424 Da / 分子数: 6 / 変異: L222M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage P22 (ファージ) / 遺伝子: 26 / プラスミド: pET-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35837
#2: 化合物
ChemComp-XE / XENON


分子量: 131.293 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179
検出器タイプ: ADSC Q-270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月2日
詳細: HORIZONTAL BENT SI(111), ASYMMETRICALLY CUT WITH WATER COOLED CU BLOCK. RH-COATED SI MIRROR FOR VERTICAL FOCUSING
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 103949 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 22.38 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2POH

2poh


解像度: 1.95→20 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 4368 -RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 100919 92.5 %-
all-109083 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10243 0 18 1590 11851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.99 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.37 31
Rwork0.3674 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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