PDB-3c8g: Crystal structure of a possible transciptional regulator YggD fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c8g

タイトル

Crystal structure of a possible transciptional regulator YggD from Shigella flexneri 2a str. 2457T

要素

(Putative transcriptional regulator) x 3

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / APC27974 / YggD / Mannitol operon repressor / Shigella flexneri 2a str. 2457T / methylation / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

fumarate hydratase activity / fumarate hydratase
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tan, K. / Borovilos, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The mannitol operon repressor MtlR belongs to a new class of transcription regulators in bacteria.
著者: Tan, K. / Clancy, S. / Borovilos, M. / Zhou, M. / Horer, S. / Moy, S. / Volkart, L.L. / Sassoon, J. / Baumann, U. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2008年2月19日	ID: 2HKT
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c8g.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c8g.ent.gz	115.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c8g_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c8g_full_validation.pdf.gz	508.4 KB	表示
XML形式データ	3c8g_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	3c8g_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/3c8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/3c8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3brjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC27974

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative transcriptional regulator

B: Putative transcriptional regulator

C: Putative transcriptional regulator

D: Putative transcriptional regulator

ヘテロ分子

79.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: Putative transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー

2

B: Putative transcriptional regulator

C: Putative transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Putative transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.365, 70.946, 159.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative transcriptional regulator 分子量: 19893.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: yggD, S3120, SF2919 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83Q96
#2: タンパク質	Putative transcriptional regulator 分子量: 19893.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: yggD, S3120, SF2919 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83Q96
#3: タンパク質	Putative transcriptional regulator 分子量: 19839.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: yggD, S3120, SF2919 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83Q96
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% (w/v) PEG MME 2000, 0.1M Sodium acetate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97883 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月29日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→32 Å / Num. all: 26162 / Num. obs: 26162 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 71.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 30.78
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 2140 / % possible all: 78.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→31.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 27.471 / SU ML: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.767 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27034	2020	7.7 %	RANDOM
R_work	0.20669	-	-	-
all	0.21163	24064	-	-
obs	0.21163	24064	93.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.751 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	-0.27 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5334	0	4	12	5350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.975	7419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.195	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.817	25.349	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.759	15	822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.332	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.739	1.5	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.223	2	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.877	3	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.881	4.5	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	122	-
R_work	0.292	1406	-
obs	-	1528	74.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9629	0.1263	-1.3126	0.921	-0.3478	4.548	-0.122	0.1555	0.1568	-0.1072	-0.0366	0.1087	0.3742	-0.2662	0.1586	-0.007	0.1153	0.0754	-0.1563	-0.0577	-0.202	6.257	-0.279	60.493
2	2.2528	0.1173	-0.1759	1.3407	-0.0834	3.4864	-0.0565	-0.0317	0.3374	0.1739	-0.003	0.1332	-0.0747	0.5661	0.0595	-0.0146	0.1567	-0.0073	0.0089	-0.1194	-0.0893	12.575	-3.826	23.529
3	1.4888	-0.827	-0.1213	1.2401	-0.7115	4.6507	0.0695	-0.1004	-0.0599	-0.1656	0.045	-0.2014	0.4373	0.7664	-0.1145	-0.0178	-0.1147	0.023	0.0841	0.0055	0.0307	20.517	-2.017	-16.43
4	1.7432	-1.5695	-0.5344	2.3067	-1.0333	6.4592	0.0099	-0.2475	-0.1671	0.112	0.059	0.4089	-0.8279	-0.3097	-0.0689	0.0477	-0.1127	-0.023	-0.2606	0.0488	0.0778	30.542	-1.882	-60.16

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 168	3 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 168	6 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	0 - 168	3 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 168	5 - 171

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