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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c8g | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a possible transciptional regulator YggD from Shigella flexneri 2a str. 2457T | |||||||||
![]() | (Putative transcriptional regulator) x 3 | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATOR / APC27974 / YggD / Mannitol operon repressor / Shigella flexneri 2a str. 2457T / methylation / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tan, K. / Borovilos, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The mannitol operon repressor MtlR belongs to a new class of transcription regulators in bacteria. 著者: Tan, K. / Clancy, S. / Borovilos, M. / Zhou, M. / Horer, S. / Moy, S. / Volkart, L.L. / Sassoon, J. / Baumann, U. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 480.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 513.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3brjC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19893.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: yggD, S3120, SF2919 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 19893.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: yggD, S3120, SF2919 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 19839.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: yggD, S3120, SF2919 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% (w/v) PEG MME 2000, 0.1M Sodium acetate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月29日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97883 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→32 Å / Num. all: 26162 / Num. obs: 26162 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 71.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 30.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 2140 / % possible all: 78.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.751 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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