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- PDB-3c7r: Crystal Structure of HIV-1 subtype F DIS extended duplex RNA boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c7r
タイトルCrystal Structure of HIV-1 subtype F DIS extended duplex RNA bound to neomycin
要素HIV-1 subtype F genomic RNA
キーワードRNA / HIV-1 / Aminoglycoside / neomycin / extended duplex
機能・相同性: / NEOMYCIN / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Freisz, S. / Lang, K. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Binding of aminoglycoside antibiotics to the duplex form of the HIV-1 genomic RNA dimerization initiation site.
著者: Freisz, S. / Lang, K. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E.
履歴
登録2008年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月11日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / struct_conn
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 subtype F genomic RNA
B: HIV-1 subtype F genomic RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2346
ポリマ－14,9272
非ポリマー1,3074
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.130, 30.330, 58.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド HIV-1 subtype F genomic RNA


分子量: 7463.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, KCl, MgCl2, Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na cacodylate11
2MgCl211
3KCl11
4MPD11
5Na cacodylate12
6MgCl212
7KCl12
8MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.07 Å / Num. obs: 31607 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 43.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2156 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DNAデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C3Z

3c3z


解像度: 1.7→29.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 791991.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2485 7.9 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 31550 97.2 %-
all-31607 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.0801 Å2 / ksol: 0.466491 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.6 Å20 Å2-1.75 Å2
2--20.87 Å20 Å2
3----12.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 980 86 96 1162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d9.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.92
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.543 362 7.7 %
Rwork0.498 4345 -
obs-4768 87 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_multi_end.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2neomycine.paramneomycine.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5ums_xplor.paramums_xplor.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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