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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c7p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human carbonic anhydrase II in complex with STX237 | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / Protein-inhibitor complex / Disease mutation / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Di Fiore, A. / De Simone, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2008 タイトル: Anticancer steroid sulfatase inhibitors: synthesis of a potent fluorinated second-generation agent, in vitro and in vivo activities, molecular modeling, and protein crystallography 著者: Woo, L.W.L. / Fischer, D.S. / Sharland, C.M. / Trusselle, M. / Foster, P.A. / Chander, S.K. / Di Fiore, A. / Supuran, C.T. / De Simone, G. / Purohit, A. / Reed, M.J. / Potter, B.V.L. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006 タイトル: 2-substituted estradiol bis-sulfamates, multitargeted antitumor agents: synthesis, in vitro SAR, protein crystallography, and in vivo activity 著者: Leese, M.P. / Leblond, B. / Smith, A. / Newman, S.P. / Di Fiore, A. / De Simone, G. / Supuran, C.T. / Purohit, A. / Reed, M.J. / Potter, B.V. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: Structure Activity Relationships of C-17 Cyano-Substituted Estratrienes as Anticancer Agents 著者: Leese, M.P. / Jourdan, F. / Gaukroger, K. / Mahon, M.F. / Newman, S.P. / Foster, P. / Stengel, C. / Regis-Lydi, S. / Ferrandis, E. / Di Fiore, A. / De Simone, G. / Supuran, C.T. / Purohit, A. ...著者: Leese, M.P. / Jourdan, F. / Gaukroger, K. / Mahon, M.F. / Newman, S.P. / Foster, P. / Stengel, C. / Regis-Lydi, S. / Ferrandis, E. / Di Fiore, A. / De Simone, G. / Supuran, C.T. / Purohit, A. / Reed, M.J. / Potter, B.V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c7p.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c7p.ent.gz | 53.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3c7p_validation.pdf.gz | 1022.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3c7p_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3c7p_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3c7p_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/3c7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/3c7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ca2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 6種, 287分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-POF / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-MBO / |
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | THE SYNONYM OF POF IS STX237 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 2.6M Ammonium Sulphate, 0.3M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.4, 5mM mercury para-hydroxybenzoate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 25893 / Num. obs: 25893 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2430 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1CA2 解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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