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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c6v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AU4130/APC7354, a probable enzyme from the thermophilic fungus Aspergillus fumigatus | ||||||
要素 | Probable tautomerase/dehalogenase AU4130 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Aspergillus fumigatus trimeric thermophilic probable tautomerase/dehalogenase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Tautomerase_3 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Singer, A.U. / Binkowski, T.A. / Skarina, T. / Kagan, O. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of AU4130/APC7354, a probable enzyme from the thermophilic fungus Aspergillus fumigatus. 著者: Singer, A.U. / Binkowski, T.A. / Skarina, T. / Kagan, O. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c6v.cif.gz | 110.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c6v.ent.gz | 90.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3c6v_validation.pdf.gz | 454.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3c6v_full_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3c6v_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3c6v_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/3c6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/3c6v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18749.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 生物種: Aspergillus fumigatus / 株: Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AU04310, AFUA_3G03220 / プラスミド: p15Tvlic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WF74 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2 M Ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 0.3M NDSB 221, 2mM L-Cysteine. Cryoprotected with Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 43671 / Num. obs: 43671 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 59.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 4491 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.64 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.682 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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