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- PDB-3c65: Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus UvrC 5' endonucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c65
タイトルCrystal Structure of Bacillus stearothermophilus UvrC 5' endonuclease domain
要素UvrABC system protein C
キーワードHYDROLASE / UvrC / endonuclease / nucleotide excision repair / DNA repair / RNase H / Cytoplasm / DNA damage / DNA excision / Excision nuclease / SOS response
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrC Ribonuclease H-like domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrABC system, subunit C / UvrC, RNAse H endonuclease domain superfamily / : / : / UvrC RNAse H endonuclease domain / UvrC family, homology region profile. / GIY-YIG type nucleases (URI domain) ...UvrC Ribonuclease H-like domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrC, RNAse H endonuclease domain / UvrABC system, subunit C / UvrC, RNAse H endonuclease domain superfamily / : / : / UvrC RNAse H endonuclease domain / UvrC family, homology region profile. / GIY-YIG type nucleases (URI domain) / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease superfamily / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UVR domain / UVR domain profile. / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pakotiprapha, D. / Bowman, B.R. / Mueller, A.A. / Inuzuka, Y. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus UvrC 5' endonuclease domain
著者: Pakotiprapha, D. / Bowman, B.R. / Mueller, A.A. / Inuzuka, Y. / Verdine, G.L.
履歴
登録2008年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8671
ポリマ－25,8671
非ポリマー00
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.779, 81.779, 58.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein C / Protein uvrC / Excinuclease ABC subunit C


分子量: 25867.391 Da / 分子数: 1 / 断片: 5' endonuclease domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 10 / 遺伝子: uvrC / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5KWH6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST FOUR RESIDUES ARE EXPRESSION TAGS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 8
詳細: Tris-HCl, sodium citrate, sodium acetate, sodium formate, sodium chloride, pH 8.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927, 0.97941
検出器日付: 2006年8月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979271
20.979411
Reflection冗長度: 11.2 % / Av σ(I) over netI: 9.9 / 数: 197950 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.36 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 17709 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095099.410.0523.4211.1
3.254.0910010.051.88810.8
2.843.2599.910.071.55811.1
2.582.8499.910.0861.33911.2
2.392.5899.810.0981.07911.2
2.252.3999.810.1050.93611.3
2.142.2599.710.1280.87611.2
2.052.1499.810.1530.83211.2
1.972.0599.610.1910.79911.3
1.91.9799.610.2510.79811.2
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 17709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.357 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Num. unique all: 1733 / Χ2: 0.798 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLOMON位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SHARP位相決定
精密化解像度: 1.9→50 Å / FOM work R set: 0.87 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1533 8.7 %
Rwork0.204 --
obs-15152 85.7 %
溶媒の処理Bsol: 54.511 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 21.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.537 Å20 Å20 Å2
2--1.537 Å20 Å2
3----3.073 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1198 0 0 77 1275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.259
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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