[日本語] English
万見
- PDB-3c5q: Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase (I148L mutant)... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c5q
タイトルCrystal structure of diaminopimelate decarboxylase (I148L mutant) from Helicobacter pylori complexed with L-lysine
要素Diaminopimelate decarboxylase
キーワードLYASE / Diaminopimelate Decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Diaminopimelate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, T. / Wu, D. / Jiang, H. / Shen, X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase from Helicobacter pylori
著者: Hu, T. / Wu, D. / Ding, J. / Jiang, H. / Shen, X.
履歴
登録2008年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9604
ポリマ－47,4741
非ポリマー4863
水2,180121
1
A: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9208
ポリマ－94,9472
非ポリマー9736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area8710 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.111, 79.111, 134.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate decarboxylase


分子量: 47473.664 Da / 分子数: 1 / 変異: I148L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: SS1 / 遺伝子: lysA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B4XMC6*PLUS, diaminopimelate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Bicine, 1.6M Ammonium Sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 19223 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.33 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Χ2: 1.69 / Net I/σ(I): 4.9 / Scaling rejects: 7590
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.45 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 14447 / Num. unique all: 1925 / Χ2: 1.21 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK7.1SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→14.98 Å / FOM work R set: 0.873 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 984 5 %
Rwork0.202 --
obs-19222 98.2 %
溶媒の処理Bsol: 40.901 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.904 Å20 Å20 Å2
2--0.904 Å20 Å2
3----1.808 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3102 0 31 121 3254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0552
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9342.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.30427
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006679
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3NEW_PLP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4gol.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る