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- PDB-3c5i: Crystal structure of Plasmodium knowlesi choline kinase, PKH_134520 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c5i
タイトルCrystal structure of Plasmodium knowlesi choline kinase, PKH_134520
要素
  • Choline kinase
  • Cleaved fragment of N-terminal expression tag
キーワードTRANSFERASE / choline / kinase / malaria / Plasmodium knowlesi / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / Unknown ligand / Choline kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hills, T. / Lew, J. / Wasney, G. / Senesterra, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Bochkarev, A. ...Wernimont, A.K. / Hills, T. / Lew, J. / Wasney, G. / Senesterra, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Xiao, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Plasmodium knowlesi choline kinase, PKH_134520.
著者: Wernimont, A.K. / Hills, T. / Lew, J. / Wasney, G. / Senisterra, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / ...著者: Wernimont, A.K. / Hills, T. / Lew, J. / Wasney, G. / Senisterra, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Xiao, T.
履歴
登録2008年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Choline kinase
B: Choline kinase
C: Choline kinase
D: Choline kinase
E: Cleaved fragment of N-terminal expression tag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,55628
ポリマ－176,1695
非ポリマー1,38723
水7,278404
1
A: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1926
ポリマ－43,8391
非ポリマー3535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1927
ポリマ－43,8391
非ポリマー3536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1807
ポリマ－43,8391
非ポリマー3416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1807
ポリマ－43,8391
非ポリマー3416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cleaved fragment of N-terminal expression tag


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 813 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8131
ポリマ－8131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.985, 71.993, 116.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31B
41C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 280 - 310 / Label seq-ID: 280 - 310

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1DD
2AA
3BB
4CC

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Choline kinase


分子量: 43839.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
遺伝子: PKH_134520 / プラスミド: p15-tev-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: D0VWT1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Cleaved fragment of N-terminal expression tag


分子量: 812.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cleaved fragment of N-terminal expression tag

-
非ポリマー , 6種, 427分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3, 4 mM CaCl2, 2 mM TCEP, 2 mM Phosphocholine, 15 % Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 107787 / Num. obs: 107787 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.0461 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 10742 / Rsym value: 0.702 / Χ2: 0.903 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.02 Å
Translation2.5 Å37.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QG7

2qg7


解像度: 2.2→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 14.051 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4736 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.215 94289 --
obs0.215 94289 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11551 0 85 404 12040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02211995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.9516251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.651416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00224.501611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.649152045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8881548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.25431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.28223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2586
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1020.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.57232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.961211367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53935533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2464.54867
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1D98TIGHT POSITIONAL0.040.05
2A98TIGHT POSITIONAL0.060.05
3B98TIGHT POSITIONAL0.050.05
4C98TIGHT POSITIONAL0.040.05
1D86LOOSE POSITIONAL0.535
2A86LOOSE POSITIONAL0.495
3B86LOOSE POSITIONAL0.475
4C86LOOSE POSITIONAL0.345
1D98TIGHT THERMAL0.090.5
2A98TIGHT THERMAL0.10.5
3B98TIGHT THERMAL0.10.5
4C98TIGHT THERMAL0.110.5
1D86LOOSE THERMAL1.1410
2A86LOOSE THERMAL1.2210
3B86LOOSE THERMAL1.7510
4C86LOOSE THERMAL1.4810
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 351 -
Rwork0.264 6548 -
all-6899 -
obs-6548 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5602-0.271-0.86613.50181.40068.5404-0.2114-0.17930.0610.01160.1198-0.4378-0.20140.43520.0916-0.0154-0.036-0.0891-0.0240.0151-0.1142114.60724.854-28.247
21.5463-0.4212-1.00482.52150.36054.31810.06360.0174-0.04620.1550.0960.17960.2546-0.0374-0.1596-0.1713-0.0093-0.0921-0.08830.0638-0.1095105.31825.316-1.557
32.82120.2978-0.10643.4477-0.56513.7390.1805-0.12270.23660.28440.17740.4464-0.2872-0.4042-0.358-0.15250.0430.0086-0.08490.0478-0.1012100.87435.3624.208
44.6205-0.347-1.73763.6970.08458.3575-0.1680.25350.1714-0.19130.00870.2682-0.5789-0.55920.15930.05650.0484-0.0994-0.00750.0133-0.105455.29557.63426.756
51.90710.17710.12843.687-0.38153.31580.11730.1740.0214-0.209-0.102-0.48610.0492-0.0284-0.0152-0.17680.0353-0.0175-0.0329-0.0166-0.037865.02656.767-0.431
63.9086-1.48360.25624.60550.14732.19150.11410.36580.4991-0.3819-0.136-0.8072-0.2280.18820.0219-0.1722-0.00030.0212-0.03430.08720.05967.48167.238-4.668
77.40691.703-3.64794.5669-0.24037.91520.1627-0.05720.3858-0.22720.0409-0.2415-0.1932-0.0646-0.2035-0.0439-0.0419-0.03660.0530.011-0.050849.81225.59868.538
82.2069-0.8271-0.05692.4701-0.85721.87420.09290.1475-0.1048-0.0783-0.09820.00180.1073-0.00860.0053-0.06920.0241-0.1052-0.02750.0037-0.207168.32727.18745.918
93.5672-1.9394-0.24476.02240.15372.31440.14390.24020.2651-0.4093-0.2467-0.6105-0.01980.25450.1028-0.0780.0143-0.03910.0370.1227-0.092277.8535.24541.106
104.00492.9483-5.27115.8977-4.30419.79340.12220.08350.2610.0110.02650.1484-0.3180.1274-0.1487-0.0172-0.0497-0.0760.06160.015-0.0611106.59229.24666.948
111.7375-1.0020.25572.7285-1.23442.06350.16540.1601-0.1271-0.3901-0.07680.07540.2864-0.1917-0.08860.03310.0247-0.1050.0124-0.0191-0.1656119.19631.22745.428
122.7663-0.47430.65914.1422-1.02482.10420.24750.3436-0.0547-0.5956-0.322-0.62380.46580.32040.07450.02260.1127-0.0270.04680.0379-0.1053132.19931.93242.467
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 6911 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2AA70 - 20170 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3AA202 - 369202 - 369
4X-RAY DIFFRACTION4BB12 - 7212 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5BB73 - 20973 - 209
6X-RAY DIFFRACTION6BB210 - 369210 - 369
7X-RAY DIFFRACTION7CC10 - 6210 - 62
8X-RAY DIFFRACTION8CC63 - 29363 - 293
9X-RAY DIFFRACTION9CC296 - 369296 - 369
10X-RAY DIFFRACTION10DD11 - 6011 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11DD61 - 20161 - 201
12X-RAY DIFFRACTION12DD202 - 369202 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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