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万見
- PDB-3c5f: Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c5f
タイトルStructure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DTP*DAP*DCP*DTP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
  • DNA polymerase lambda
キーワードTransferase / Lyase/DNA / helix hairpin helix / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA synthesis / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Lyase / Manganese / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Lyase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Foley, M.C. / Pedersen, L.C. / Schlick, T. / Kunkel, T.A.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: Substrate-induced DNA strand misalignment during catalytic cycling by DNA polymerase lambda.
著者: Bebenek, K. / Garcia-Diaz, M. / Foley, M.C. / Pedersen, L.C. / Schlick, T. / Kunkel, T.A.
履歴
登録2008年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
T: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DTP*DAP*DCP*DTP*DG)-3')
P: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
U: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DTP*DAP*DCP*DTP*DG)-3')
Q: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
A: DNA polymerase lambda
B: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,59614
ポリマ－87,4588
非ポリマー1386
水11,512639
1
T: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DTP*DAP*DCP*DTP*DG)-3')
P: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
A: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7987
ポリマ－43,7294
非ポリマー693
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
U: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DTP*DAP*DCP*DTP*DG)-3')
Q: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
B: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7987
ポリマ－43,7294
非ポリマー693
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.237, 151.884, 85.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
モデル数2

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要素

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DNA鎖 , 3種, 6分子 TUPQDE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DTP*DAP*DCP*DTP*DG)-3')


分子量: 3350.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DAP*DC)-3')


分子量: 1793.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Downstream Primer

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase kappa / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2


分子量: 37393.633 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA binding region / Mutation: R517A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
非ポリマー , 2種, 645分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium acetate11
2Hepes11
3PEG 400011
4ammonium acetate12
5Hepes12
6PEG 400012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 56848 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.334.40.60652921.10291.5
2.33-2.424.50.49353421.08792.5
2.42-2.534.60.42154581.09493.8
2.53-2.674.80.33255301.10295.1
2.67-2.834.90.2656371.197.1
2.83-3.055.20.19657691.06298.8
3.05-3.365.60.13458341.05299.6
3.36-3.856.40.10258620.97399.8
3.85-4.857.50.08659470.98599.9
4.85-507.80.06661771.00499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化解像度: 2.25→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 2548 4.3 %
Rwork0.224 --
obs-50327 85.2 %
溶媒の処理Bsol: 33.712 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.597 Å20 Å20 Å2
2---2.893 Å20 Å2
3---4.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 848 6 639 6585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9622
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9562.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4R517Agap.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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