PDB-3c48: Structure of the retaining glycosyltransferase MshA: The first st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c48

タイトル

Structure of the retaining glycosyltransferase MshA: The first step in mycothiol biosynthesis. Organism: Corynebacterium glutamicum- APO (OPEN) structure.

要素

Predicted glycosyltransferases

キーワード

TRANSFERASE / retaining glycosyltransferase / beta alpha beta / substrate assisted catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

D-inositol-3-phosphate glycosyltransferase / D-inositol-3-phosphate glycosyltransferase activity / mycothiol biosynthetic process / acetylglucosaminyltransferase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Frantom, P.A. / Blanchard, J.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and Enzymatic Analysis of MshA from Corynebacterium glutamicum: SUBSTRATE-ASSISTED CATALYSIS
著者: Vetting, M.W. / Frantom, P.A. / Blanchard, J.S.

履歴

登録	2008年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c48.cif.gz	172.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c48.ent.gz	135.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/3c48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/3c48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c4qC 3c4vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jb6-2 1pg7-1 6i8s-4 4ei5-1 255 4w7c-d 1sio-d 2jb6-1 5t4z-d 6i8s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Predicted glycosyltransferases

B: Predicted glycosyltransferases

ヘテロ分子

96.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.743, 79.743, 148.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Predicted glycosyltransferases 分子量: 47892.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: MshA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8NTA6, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: Protein (15 mg/ml, 400 mM Ammonium sulfate, 10% glycerol, 0.5 mM EDTA, 1 mM BME): Precipitant (20% Peg4000, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mm LiSO4), Vapor diffusion under oil, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月1日
放射	モノクロメーター: MSC Confocal Blue Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→35 Å / Num. all: 178087 / Num. obs: 60789 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8239 / R_sym value: 0.238 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.904 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22173	3079	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18014	-	-	-
all	0.18222	57704	-	-
obs	0.18222	57704	98.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.1 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6148	0	40	405	6593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	6301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.962	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.163	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.319	23.425	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.643	15	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.793	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.805	1.5	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.28	2	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.084	3	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.139	4.5	2206

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	189	-
R_work	0.219	3689	-
obs	-	-	84.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5565	-0.007	0.1967	1.6767	0.0301	0.6658	0.0999	-0.2361	0.1337	0.182	-0.2214	0.0532	-0.1513	-0.0195	0.1215	-0.0788	-0.1602	-0.0201	-0.0252	-0.0177	-0.1288	-16.578	37.929	22.152
2	5.3807	1.481	0.4167	2.9067	-0.5722	2.1864	0.4413	-0.9649	0.4503	0.2326	-0.3644	0.2762	0.0895	-0.0363	-0.0769	-0.1749	-0.2123	0.1176	0.06	-0.1789	-0.0415	-15.644	73.73	29.904
3	1.1878	0.0585	-0.1077	1.9324	-0.3695	0.4722	0.114	-0.2019	-0.1455	0.1702	-0.2174	-0.0143	0.0298	0.0119	0.1034	-0.1048	-0.1824	-0.0333	-0.0018	0.0718	-0.1344	-16.546	10.273	24.843
4	2.0775	0.6182	-0.1521	1.571	-0.4672	1.6138	-0.232	0.1264	0.1057	-0.1798	0.1264	-0.0264	0.0598	0.0373	0.1056	-0.0869	-0.0861	-0.0322	-0.0973	-0.0074	-0.1667	-20.147	-23.03	39.409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 195	21 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	394 - 418	414 - 438
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	196 - 393	216 - 413
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 195	21 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	394 - 418	414 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	196 - 393	216 - 413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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