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- PDB-3c41: ABC protein ArtP in complex with AMP-PNP/Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c41
タイトルABC protein ArtP in complex with AMP-PNP/Mg2+
要素Amino acid ABC transporter (ArtP)
キーワードHYDROLASE / ABC Domain / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


polar-amino-acid-transporting ATPase / ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...ABC-type amino acid transport system, ATPase component, HisP-type / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Amino acid ABC transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus Stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of the ATP-binding cassette (ABC) Protein ArtP from Geobacillus stearothermophilus in complexes with nucleotides and nucleotide analogs reveal an intermediate ...タイトル: Crystal Structures of the ATP-binding cassette (ABC) Protein ArtP from Geobacillus stearothermophilus in complexes with nucleotides and nucleotide analogs reveal an intermediate semiclosed dimer in the post hydrolyses state and an asymmetry in the dimerisation region
著者: Thaben, P.F. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Allings, C. / Behlke, J. / Saenger, W. / Schneider, E. / Vahedi-Faridi, A.
履歴
登録2008年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42025年5月28日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Amino acid ABC transporter (ArtP)
K: Amino acid ABC transporter (ArtP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2666
ポリマ－54,2052
非ポリマー1,0614
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-30.8 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.277, 82.921, 68.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.901, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter (ArtP)


分子量: 27102.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus Stearothermophilus (バクテリア)
株: DSMZ 13240 / 遺伝子: artp / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(de3)plyss
参照: UniProt: D0VWX4*PLUS, polar-amino-acid-transporting ATPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG3350, 0.1M Na-Acetate, 5% Isopropanol, 0.01M MgCl2, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 21590 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1676 / Χ2: 0.944 / % possible all: 66.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OLJ

2olj


解像度: 2.25→50 Å / FOM work R set: 0.785 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 2142 8.5 %
Rwork0.224 --
obs-21575 86.1 %
溶媒の処理Bsol: 61.802 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.258 Å20 Å2-4.658 Å2
2---0.734 Å20 Å2
3----2.524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3792 0 64 116 3972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0932
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0722.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 42

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.270.3230.258179202
2.27-2.290.412320.284367399
2.29-2.310.355410.312354395
2.31-2.330.28390.291375414
2.33-2.350.295440.242369413
2.35-2.370.355550.28372427
2.37-2.390.329440.27398442
2.39-2.410.36450.317380425
2.41-2.440.412480.299382430
2.44-2.460.381430.312419462
2.46-2.490.4490.302383432
2.49-2.520.256400.257413453
2.52-2.550.377540.265442496
2.55-2.580.279440.245380424
2.58-2.610.325550.244415470
2.61-2.640.369520.25439491
2.64-2.670.34480.273410458
2.67-2.710.398500.282431481
2.71-2.750.288460.259438484
2.75-2.790.332480.249458506
2.79-2.830.38670.329494561
2.83-2.880.357520.268438490
2.88-2.930.274490.269506555
2.93-2.980.334620.291512574
2.98-3.040.279540.255505559
3.04-3.10.275580.235529587
3.1-3.170.326440.245539583
3.17-3.250.324550.271523578
3.25-3.330.296520.247539591
3.33-3.420.287500.219551601
3.42-3.520.258500.227531581
3.52-3.630.31560.215546602
3.63-3.760.28570.206539596
3.76-3.910.256590.205525584
3.91-4.090.225520.183557609
4.09-4.30.206580.169539597
4.3-4.570.205630.161540603
4.57-4.930.237580.182540598
4.93-5.420.259650.228532597
5.42-6.210.274580.221550608
6.21-7.820.301570.238542599
7.82-500.010.205660.184552618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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