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万見
- PDB-3c3y: Crystal Structure of PFOMT, Phenylpropanoid and Flavonoid O-methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3y
タイトルCrystal Structure of PFOMT, Phenylpropanoid and Flavonoid O-methyltransferase from M. crystallinum
要素O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / plant secondary metabolism / O-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


caffeoyl-CoA O-methyltransferase / caffeoyl-CoA O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesembryanthemum crystallinum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.371 Å
データ登録者Kopycki, J.G. / Rauh, D. / Neumann, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and Structural Analysis of Substrate Promiscuity in Plant Mg(2+)-Dependent O-Methyltransferases
著者: Kopycki, J.G. / Rauh, D. / Chumanevich, A.A. / Neumann, P. / Vogt, T. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2008年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase
B: O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1267
ポリマ－53,2372
非ポリマー8895
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-58.1 kcal/mol
Surface area17880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.890, 71.830, 128.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase / PFOMT


分子量: 26618.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mesembryanthemum crystallinum (植物)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 pREP4 / 参照: UniProt: Q6YI95, caffeoyl-CoA O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M CaCl2, 100mM HEPES/NaOH, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW611.05
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW620.97905 0.9500
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年5月20日
MARRESEARCH2CCD2004年5月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.051
20.979051
30.951
反射解像度: 1.37→20 Å / Num. all: 95653 / Num. obs: 94082 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.677 % / Biso Wilson estimate: 19.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.88
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.37-1.450.3973.9638261399194.7
1.45-1.550.2735.7680981438399.3
1.55-1.680.1868664171395799.5
1.68-1.830.13310.5552781160799.6
1.83-2.050.0914.1549621154299.8
2.05-2.360.06917.645723980799.6
2.36-2.880.06119.239108850099.6
2.88-4.030.0522.430191660898.8
4.03-50.04424.57950176994.5
5-100.03329.57803174692.7
10-200.0426.164717265.2
20

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.4.0062精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.371→19.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.572 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4041 4.3 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 94023 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.371→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3577 0 55 480 4112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.262.0035015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3535454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.99824.424165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.38915645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2541521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45522264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14533648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63421436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.36331367
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.32333700
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.5433484
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.51333623
LS精密化 シェル解像度: 1.371→1.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 277 -
Rwork0.244 6165 -
all-6442 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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