PDB-3c3k: Crystal structure of an uncharacterized protein from Actinobacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c3k

タイトル

Crystal structure of an uncharacterized protein from Actinobacillus succinogenes

要素

Alanine racemase

キーワード

ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine racemase / alanine racemase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinobacillus succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein from Actinobacillus succinogenes.
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2008年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c3k.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c3k.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c3k_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c3k_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	3c3k_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	3c3k_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/3c3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/3c3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d8u-d 4rkq-2 3jvd-d 3jy6-2 4rk1-2 3gv0-2 3o74-d 2qu7-d 3h5o-d 1sxi-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11007f

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alanine racemase

B: Alanine racemase

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.888, 67.602, 204.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alanine racemase 分子量: 31177.781 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 54-327 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinobacillus succinogenes (バクテリア) 株: 130Z / 遺伝子: Asuc_0357 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A6VL88, alanine racemase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.49 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月24日 / 詳細: Mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3 % / Av σ(I) over netI: 8.4 / 数: 165629 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.28 / D res high: 1.99 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 55962 / % possible obs: 86.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.29	50	99.7	1	0.048	1.841	3.6
3.4	4.29	99.7	1	0.068	2.189	3.4
2.97	3.4	99.7	1	0.086	1.37	3.3
2.7	2.97	99.9	1	0.12	1.063	3.3
2.51	2.7	99.6	1	0.165	0.886	3.2
2.36	2.51	98.3	1	0.194	0.851	2.9
2.24	2.36	92.8	1	0.22	0.807	2.6
2.14	2.24	78.5	1	0.232	0.761	2.2
2.06	2.14	57.5	1	0.241	0.792	2
1.99	2.06	38.4	1	0.245	0.806	1.8

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 55962 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.283 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.06	1.8	0.245	2517	0.806	1	38.4
2.06-2.14	2	0.241	3660	0.792	1	57.5
2.14-2.24	2.2	0.232	5097	0.761	1	78.5
2.24-2.36	2.6	0.22	6013	0.807	1	92.8
2.36-2.51	2.9	0.194	6410	0.851	1	98.3
2.51-2.7	3.2	0.165	6450	0.886	1	99.6
2.7-2.97	3.3	0.12	6413	1.063	1	99.9
2.97-3.4	3.3	0.086	6455	1.37	1	99.7
3.4-4.29	3.4	0.068	6480	2.189	1	99.7
4.29-50	3.6	0.048	6467	1.841	1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.64 / 反射: 31321 / Reflection acentric: 27080 / Reflection centric: 4241

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-31.066	0.9	0.93	0.84	1623	1100	523
3.6-5.7	0.9	0.92	0.82	4699	3836	863
2.8-3.6	0.8	0.82	0.71	5767	4959	808
2.5-2.8	0.63	0.64	0.57	5755	5072	683
2.1-2.5	0.48	0.48	0.46	9687	8707	980
2-2.1	0.36	0.35	0.4	3790	3406	384

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
CBASS		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.99→30.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 4.527 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1596	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.183	31315	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.901 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→30.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	13	253	4386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.994	1.974	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.395	5	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.785	24.94	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.446	15	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.973	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.27	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.208	1.5	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.886	2	4322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.251	3	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.661	4.5	1368

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	68	-
R_work	0.225	1145	-
all	-	1213	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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