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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c3j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase from Escherichia coli | ||||||
![]() | Putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase / structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; その他の化合物に作用 / carbohydrate derivative metabolic process / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / carbohydrate derivative binding / plasma membrane => GO:0005886 / isomerase activity / hydrolase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, R. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase from Escherichia coli. 著者: Zhang, R. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 899.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 779.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42287.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M di-Ammonium citrate, 2.5 mM Glucose-6-phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→138.68 Å / Num. all: 196168 / Num. obs: 195226 / % possible obs: 99.52 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 17.81 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.848 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 15168 / % possible all: 97.17 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.328 Å / Origin y: 37.851 Å / Origin z: 103.762 Å
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精密化 TLSグループ |
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