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Yorodumi- PDB-3c2b: Crystal structure of TetR transcriptional regulator from Agrobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c2b | ||||||
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Title | Crystal structure of TetR transcriptional regulator from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
Components | Transcriptional regulator, TetR family | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / structural genomics / APC5923 / TetR / transcription / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium tumefaciens str. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Skarina, T. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: X-ray crystal structure of TetR transcriptional regulator from Agrobacterium tumefaciens. Authors: Osipiuk, J. / Skarina, T. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3c2b.cif.gz | 88.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3c2b.ent.gz | 74.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3c2b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3c2b_validation.pdf.gz | 445.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3c2b_full_validation.pdf.gz | 453.7 KB | Display | |
Data in XML | 3c2b_validation.xml.gz | 16.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3c2b_validation.cif.gz | 23.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24310.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium tumefaciens str. (bacteria) Species: Agrobacterium tumefaciens / Strain: C58 / Gene: Atu2020, AGR_C_3662 / Plasmid: modified pET15b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A9CID8 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 10.5 Details: 0.1 M CAPSO buffer, 20% PEG 2000 MME, 0.3 M NDSB-195, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2006 |
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→37.8 Å / Num. all: 23127 / Num. obs: 23127 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 49.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.842 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique all: 1024 / Χ2: 1.097 / % possible all: 60.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 11.444 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.201 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→37.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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