[日本語] English
万見
- PDB-3c1u: D192N mutant of Rhamnogalacturonan acetylesterase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1u
タイトルD192N mutant of Rhamnogalacturonan acetylesterase
要素Rhamnogalacturonan acetylesterase
キーワードHYDROLASE / SGNH hydrolase / pectin degradation / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnogalacturonan acetylesterase / hydrolase activity, acting on ester bonds
類似検索 - 分子機能
Rhamnogalacturonan acetylesterase RhgT-like / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Rhamnogalacturonan acetylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Langkilde, A. / Lo Leggio, L. / Navarro Poulsen, J.C. / Molgaard, A. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2008
タイトル: Short strong hydrogen bonds in proteins: a case study of rhamnogalacturonan acetylesterase
著者: Langkilde, A. / Kristensen, S.M. / Lo Leggio, L. / Jensen, J.H. / Houk, A.R. / Navarro Poulsen, J.C. / Kauppinen, S. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Crystal packing in two pH-dependent crystal forms of rhamnogalacturonan acetylesterase
著者: Molgaard, A. / Larsen, S.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002
タイトル: A branched N-linked glycan at atomic resolution in the 1.12 A structure of rhamnogalacturonan acetylesterase
著者: Molgaard, A. / Larsen, S.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Rhamnogalacturonan acetylesterase elucidates the structure and function of a new family of hydrolases
著者: Molgaard, A. / Kauppinen, S. / Larsen, S.
#4: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the heterogeneously glycosylated enzyme rhamnogalacturonan acetylesterase from Aspergillus aculeatus
著者: Molgaard, A. / Petersen, J.F.W. / Kauppinen, S. / Dalboge, H. / Johnsen, A.H. / Navarro Poulsen, J.C. / Larsen, S.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rhamnogalacturonan acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1234
ポリマ－24,6221
非ポリマー5013
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.612, 67.606, 73.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Rhamnogalacturonan acetylesterase / RGAE


分子量: 24621.895 Da / 分子数: 1 / 変異: D192N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / 遺伝子: rha1 / プラスミド: pHD464 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: Q00017, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3
詳細: PEG1500, sodium acetate, pH3.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→20 Å / Num. all: 55818 / Num. obs: 55818 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K7C

1k7c


解像度: 1.33→20 Å / Num. parameters: 19411 / Num. restraintsaints: 23615 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: One loop was very poorly defined in the electron density maps and as a consequence SER78 and THR81 are only modelled with an occupancy of 0.5. LEU79 and SER80 could not be positioned in the ...詳細: One loop was very poorly defined in the electron density maps and as a consequence SER78 and THR81 are only modelled with an occupancy of 0.5. LEU79 and SER80 could not be positioned in the maps and are therefore not included in the model. The geometry and position of this loop is inflicted with higher uncertainty.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 2793 5 %RANDOM
Rwork0.114 ---
obs0.115 55818 99.4 %-
all-55818 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 18.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 32 355 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.107

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る