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万見
- PDB-3c1o: The multiple phenylpropene synthases in both Clarkia breweri and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1o
タイトルThe multiple phenylpropene synthases in both Clarkia breweri and Petunia hybrida represent two distinct lineages
要素eugenol synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / eugenol / phenylpropene / PIP reductase / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Eugenol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clarkia breweri (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Louie, G.V. / Noel, J.P. / Bowman, M.E.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2008
タイトル: The multiple phenylpropene synthases in both Clarkia breweri and Petunia hybrida represent two distinct protein lineages.
著者: Koeduka, T. / Louie, G.V. / Orlova, I. / Kish, C.M. / Ibdah, M. / Wilkerson, C.G. / Bowman, M.E. / Baiga, T.J. / Noel, J.P. / Dudareva, N. / Pichersky, E.
履歴
登録2008年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eugenol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0852
ポリマ－36,3421
非ポリマー7431
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: eugenol synthase
ヘテロ分子

A: eugenol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1714
ポリマ－72,6842
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area4650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.330, 87.381, 51.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1201-

HOH

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要素

#1: タンパク質 eugenol synthase / Brewer's clarkia


分子量: 36341.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clarkia breweri (植物) / 遺伝子: EGS1 / プラスミド: pHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VWT0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 M sodium citrate, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) isopropanol, 2 mM dithiothreitol, 5 mM NADP+, pH 5.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.434→50.572 Å / Num. obs: 26859 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.93.50.4011.81300037020.40193.2
1.9-2.013.90.2632.71437837020.263100
2.01-2.153.90.1754.11380735340.175100
2.15-2.323.90.1344.91267532640.134100
2.32-2.553.90.1076.31173430070.107100
2.55-2.853.90.0837.91057927320.083100
2.85-3.293.90.0718.7926924060.071100
3.29-4.023.80.05910.1767520370.05999.9
4.02-5.693.60.05211.1572615870.05299.9
5.69-50.5740.03415.735338880.03499.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.482 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.412
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å33.91 Å
Translation3 Å33.91 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→33.9 Å / FOM work R set: 0.879 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1347 5 %random
Rwork0.186 ---
obs-26856 99 %-
溶媒の処理Bsol: 45.886 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 21.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.651 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.563 Å20 Å2
3---3.213 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2500 0 48 210 2758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.9382.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.653
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.4344
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ndp.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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