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- PDB-3c1d: X-ray crystal structure of RecX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1d
タイトルX-ray crystal structure of RecX
要素Regulatory protein recX
キーワードRECOMBINATION / DNA BINDING PROTEIN / tandem repeats / helix-turn-helix / Cytoplasm / DNA damage / DNA repair / SOS response
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / regulation of DNA repair / DNA repair / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein RecX / : / : / : / RecX, second three-helix domain / RecX, third three-helix domain / RecX, first three-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Regulatory protein RecX / : / : / : / RecX, second three-helix domain / RecX, third three-helix domain / RecX, first three-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein RecX
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ragone, S. / Maman, J.D. / Furnham, N. / Pellegrini, L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for inhibition of homologous recombination by the RecX protein.
著者: Ragone, S. / Maman, J.D. / Furnham, N. / Pellegrini, L.
履歴
登録2008年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein recX
B: Regulatory protein recX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9702
ポリマ－36,9702
非ポリマー00
水5,603311
1
A: Regulatory protein recX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4851
ポリマ－18,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Regulatory protein recX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4851
ポリマ－18,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.549, 71.757, 74.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein recX / Protein oraA


分子量: 18484.959 Da / 分子数: 2 / 変異: C113A, C118A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The recombinant RecX protein was expressed with an N-terminal hexahistidine tag. The tag was removed by cleaveage with Prescission protease (GE Healthcare). Cleaveage left an extra Glycine ...詳細: The recombinant RecX protein was expressed with an N-terminal hexahistidine tag. The tag was removed by cleaveage with Prescission protease (GE Healthcare). Cleaveage left an extra Glycine amino acid at the N-terminus of the protein.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recX, oraA / プラスミド: pEGT-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66000
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST AMINO ACID OF THE SEQUENCE (GLY) IS A LEFT-OVER OF THE PRESCISSION PROTEASE CLEAVAGE ...THE FIRST AMINO ACID OF THE SEQUENCE (GLY) IS A LEFT-OVER OF THE PRESCISSION PROTEASE CLEAVAGE SEQUENCE LEVLFQ/GP, THAT WAS FUSED TO THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN, TO ALLOW REMOVAL OF THE HISTIDINE TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→16.5 Å / Num. all: 28281 / Num. obs: 28281 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 4001 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→16.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.037 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1407 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 27866 --
obs0.182 27866 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→16.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2559 0 0 311 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.9533550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9175324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.57121.655139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21815477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0561541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21851
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.51609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20122524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3631149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7974.51026
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 104 -
Rwork0.235 1918 -
all-2022 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.13853.8008-5.54876.2881-5.55714.7221-0.1825-0.1631-0.49650.0852-0.1868-0.46930.51740.33390.3693-0.05710.0158-0.02850.0203-0.0288-0.029828.18525.08226.879
21.9737-0.8455-0.16084.4501-0.53878.54180.0757-0.093-0.1258-0.0963-0.0124-0.09420.4282-0.1769-0.0633-0.0548-0.0274-0.03340.0275-0.0065-0.070523.46327.00220.191
31.86830.3832-2.61882.2231-0.76877.42480.10570.00910.1783-0.05210.113-0.0611-0.4394-0.0442-0.2187-0.0654-0.02930.0095-0.0658-0.0306-0.04626.75837.807-0.081
49.19289.2203-2.946622.3802-9.543715.9023-0.1058-0.3221-0.0759-0.0539-0.0121-0.2267-0.55080.01680.1179-0.0598-0.02930.025-0.00770.07210.092340.54242.96-18.033
58.42223.3129-3.64764.337-0.206415.1919-0.12690.6959-0.1772-0.35660.242-0.1893-0.1830.0723-0.1151-0.0789-0.0310.0331-0.0812-0.0275-0.065633.05435.351-18.303
644.61726.8268-24.92818.152-5.411125.83470.8571.472.6335-0.7150.471.2332-1.3663-1.2493-1.32690.35420.13730.03110.12260.08420.323527.5642.68-17.522
74.44290.5395-3.40590.473-0.039610.49940.0301-0.3686-0.39490.0617-0.0987-0.11460.3381.34450.0687-0.02520.0475-0.01510.16910.0159-0.007830.56925.275-32.374
88.8793.6646-1.26677.3399-1.48435.46820.0380.2234-0.16880.0562-0.1434-0.7471-0.27430.4490.1054-0.040.0329-0.01480.02150.0233-0.05527.37631.826-35.471
91.46820.0753-0.36924.7152-6.533419.7317-0.00520.2508-0.1517-0.30920.0338-0.02550.9839-0.2681-0.0286-0.0358-0.0469-0.0109-0.025-0.036-0.05817.05920.95-16.128
102.16710.2829-0.47172.8799-3.79027.39850.1042-0.08660.0930.15020.19160.2374-0.323-0.4392-0.2958-0.0188-0.01730.0012-0.0104-0.0104-0.03215.97426.79-9.872
116.8871-0.17031.758913.3091-6.79369.479-0.16070.3321-0.3419-0.12460.68020.54720.8404-0.6658-0.51950.0943-0.0911-0.00670.08420.0410.040214.5499.7593.883
123.39471.04652.45918.5537-3.238412.01980.1764-0.3159-0.04570.67710.11770.20670.2842-0.5625-0.2941-0.0229-0.0362-0.0007-0.05560.0002-0.063218.23718.1028.058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 241 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2AA25 - 7018 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3AA71 - 12664 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4AA127 - 135120 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5AA136 - 154129 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6AA155 - 161148 - 154
7X-RAY DIFFRACTION7BB8 - 451 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8BB46 - 6839 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9BB69 - 8762 - 80
10X-RAY DIFFRACTION10BB88 - 12081 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11BB121 - 132114 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12BB133 - 161126 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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