PDB-3c0u: Crystal structure of E.coli yaeQ protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c0u

タイトル

Crystal structure of E.coli yaeQ protein

要素

Uncharacterized protein yaeQ

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Escherichia coli / yaeQ / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Restriction endonuclease-like alpha-beta roll fold / Restriction endonuclease-like alpha-beta roll domain / YaeQ / YaeQ superfamily / YaeQ protein / YaeQ / Restriction endonuclease type II-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of E.coli yaeQ protein.
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c0u.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c0u.ent.gz	65.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c0u_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c0u_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	3c0u_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	3c0u_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k81-1 5k83-1 3n7t-2 5k81-3 5k83-3 3zvm-1 6clv-6 3ru3-d 3zvl-d 3rte-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC27215

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein yaeQ

B: Uncharacterized protein yaeQ

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Uncharacterized protein yaeQ

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Uncharacterized protein yaeQ

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.277, 127.277, 72.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein yaeQ 分子量: 21230.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yaeQ, b0190, JW0186 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: P0AA97
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月9日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 16762 / Num. obs: 16728 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.7 % / B_iso Wilson estimate: 85.413 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 55.36
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 1619 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→44.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 19.747 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2342	843	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20954	-	-	-
all	0.21079	16675	-	-
obs	0.21079	16675	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.386 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2848	0	11	38	2897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.23	1.931	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.806	5	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.73	24.73	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.738	15	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.943	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.689	1.5	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.975	2	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.319	3	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.148	4.5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.473	68	-
R_work	0.328	1138	-
obs	-	1206	99.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.491	0.4715	0.5717	3.0125	0.2832	3.2347	0.0058	0.4625	-0.5262	-0.3442	0.1278	-0.5762	0.4074	0.2744	-0.1335	-0.1151	0.1107	-0.0025	-0.0678	-0.0697	-0.0268	23.5656	39.2168	-18.3311
2	13.1081	2.0949	3.0459	7.2557	1.0442	1.4436	0.3405	0.19	-0.5042	-0.0436	0.079	-0.6214	0.8986	-0.0735	-0.4195	-0.0794	0.0248	0.0018	-0.0751	-0.0645	-0.1338	17.9602	42.3485	-17.1458
3	2.9791	1.9924	0.2656	7.1736	1.0419	2.7025	-0.0882	0.3741	0.1472	-0.3915	0.1159	0.3668	-0.1445	-0.2323	-0.0276	-0.1763	0.048	0.0125	-0.0952	0.011	-0.2267	16.1194	52.4638	-19.1894
4	2.4668	0.0366	0.1786	1.9561	0.0774	1.8645	-0.161	0.2124	0.4173	-0.1259	0.0589	0.3471	-0.2798	-0.0184	0.1021	-0.0047	0.0367	0.0299	-0.0774	0.0364	0.0351	43.8109	27.5544	-15.5829
5	14.0507	2.2546	-4.3696	4.5327	-1.4807	1.5046	0.4151	0.1471	0.6106	0.2185	-0.1641	0.3181	-0.4391	0.1399	-0.251	0.0068	0.0459	0.0124	-0.0045	0.0462	-0.0344	48.8048	23.533	-14.271
6	2.0615	1.8631	-0.3708	4.5323	-0.6543	2.5356	-0.057	0.2476	-0.1835	-0.1087	0.146	-0.2672	0.1964	0.182	-0.089	-0.0589	0.0506	-0.0121	0.0094	-0.013	-0.0313	49.4018	13.3124	-15.9869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 33	3 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	149 - 180	151 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	34 - 53	36 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	54 - 148	56 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 33	3 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	149 - 180	151 - 182
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	34 - 53	36 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	54 - 148	56 - 150

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