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万見
- PDB-3bzm: Crystal Structure of Open form of Menaquinone-Specific Isochorism... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bzm
タイトルCrystal Structure of Open form of Menaquinone-Specific Isochorismate Synthase, MenF
要素Menaquinone-specific isochorismate synthase
キーワードISOMERASE / chorismate / isochorismate / menaquinone / Menaquinone biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isochorismate synthase MenF / Isochorismate synthase MenF-like / Isochorismate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Isochorismate synthase MenF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Parsons, J.F. / Shi, K.M. / Ladner, J.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of isochorismate synthase in complex with magnesium.
著者: Parsons, J.F. / Shi, K.M. / Ladner, J.E.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menaquinone-specific isochorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0162
ポリマ－48,8231
非ポリマー1921
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.370, 72.370, 164.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Menaquinone-specific isochorismate synthase / Isochorismate mutase


分子量: 48823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: menF, yfbA / プラスミド: Pet15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38051, isochorismate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 8
詳細: well solution: 0.2M sodium citrate, 6% glycerol, 8% PEG 3350, 5mM chorismic acid. protein solution: 50mM Tris, 5 mM magnesium chloride, 1 mM DTT, pH 7.6, 20 mg/mL. Drops were equal volumes ...詳細: well solution: 0.2M sodium citrate, 6% glycerol, 8% PEG 3350, 5mM chorismic acid. protein solution: 50mM Tris, 5 mM magnesium chloride, 1 mM DTT, pH 7.6, 20 mg/mL. Drops were equal volumes well and protein., sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月1日
放射モノクロメーター: MSC Blue Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.67 Å / Num. obs: 36355 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.97 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.7 / Scaling rejects: 2189
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.024.610.4742.61429430840.9584.8
2.02-2.15.810.3893.52068135450.9697.4
2.1-2.28.320.3284.53046536560.9199.5
2.2-2.318.640.3114.13145636241.0699.6
2.31-2.468.690.197.43206236790.9199.8
2.46-2.658.710.1449.83191736540.8999.9
2.65-2.918.750.10813.13261037130.87100
2.91-3.338.750.07819.73268637230.89100
3.33-4.198.690.05928.43291337621.07100
4.19-19.678.030.04342.83271439151.4899.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å9.99 Å
Translation3 Å9.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.357 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1804 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.248 35738 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20.54 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 0 13 101 3546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9751.9534787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5755434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79223.6175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.58815599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8751534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1081.52232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79423457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67931495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7854.51327
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.054 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 217 -
Rwork0.349 4358 -
all-4575 -
obs--86.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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