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万見
- PDB-3bzk: Crystal Structure of the Tex protein from Pseudomonas aeruginosa,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bzk
タイトルCrystal Structure of the Tex protein from Pseudomonas aeruginosa, crystal form 2
要素Tex
キーワードRNA BINDING PROTEIN / helix-turn-helix / helix-hairpin-helix / S1 domain / YqgF domain / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleobase-containing compound metabolic process / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tex RuvX-like domain-like / Tex-like protein, N-terminal / Tex protein, YqgF-like domain / Tex, S1 domain / Tex-like protein N-terminal domain / Tex protein YqgF-like domain / RuvA domain 2-like / Tex N-terminal region-like / Tex N-terminal region-like / Helix-hairpin-helix motif ...Tex RuvX-like domain-like / Tex-like protein, N-terminal / Tex protein, YqgF-like domain / Tex, S1 domain / Tex-like protein N-terminal domain / Tex protein YqgF-like domain / RuvA domain 2-like / Tex N-terminal region-like / Tex N-terminal region-like / Helix-hairpin-helix motif / YqgF/RNase H-like domain / HHH domain 9 / HHH domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / YqgF/RNase H-like domain superfamily / RuvA domain 2-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S1 motif domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Johnson, S.J. / Close, D. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and RNA binding of the Tex protein from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Johnson, S.J. / Close, D. / Robinson, H. / Vallet-Gely, I. / Dove, S.L. / Hill, C.P.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9111
ポリマ－85,9111
非ポリマー00
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.214, 106.688, 139.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tex


分子量: 85910.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+RP / 参照: UniProt: Q9HTY8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18% PEG 4000, 100mM Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 38046 / Num. obs: 38046 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.386.20.50737290.95699.3
2.38-2.486.20.39137520.98799.5
2.48-2.597.40.30837481.01899.4
2.59-2.737.90.24737331.05299.3
2.73-2.980.18237520.99598.9
2.9-3.128.10.14637810.98599.1
3.12-3.439.20.11137760.94399
3.43-3.9311.90.09138230.91799.8
3.93-4.9312.60.06838770.897100
4.93-2012.50.05240750.824100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3BZC

3bzc


解像度: 2.3→19.951 Å / Num. restraintsaints: 71541 / FOM work R set: 0.78 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1894 4.99 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.249 37961 --
obs0.249 37961 99.13 %-
溶媒の処理Bsol: 46.598 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.55 Å2 / Biso mean: 27.38 Å2 / Biso min: 10.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.214 Å20 Å20 Å2
2--27.819 Å2-0 Å2
3---5.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5620 0 0 293 5913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6051
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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