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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bzb
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / uncharacterized protein / red alga / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性Lysine methyltransferase / Lysine methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein CMQ451C from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae.
著者: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2008年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2532
ポリマ-62,2532
非ポリマー00
23413
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1271
ポリマ-31,1271
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1271
ポリマ-31,1271
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.783, 103.783, 105.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 31126.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
: strain 10D / 遺伝子: CMQ451C / プラスミド: PVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: D0VWS8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium ...詳細: Protein solution (10 mg/mL Se-Met protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (9% PEG 5000, 1.44 M Tetramethylammonium chloride, 0.10 M Triethanolamine pH 8.0 ). Cryoprotected with fomblin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→46.554 Å / Num. obs: 16619 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 11.232
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.79-2.910.10.7051.48715651.00194.8
2.9-3.0213.90.57416400.90399.3
3.02-3.1517.90.47916400.833100
3.15-3.3220.90.38716380.818100
3.32-3.5321.60.24816580.852100
3.53-3.821.60.17216550.917100
3.8-4.1821.50.1216760.997100
4.18-4.7921.40.10116711.001100
4.79-6.0321.20.09116891.013100
6.03-46.55420.10.05317871.02899.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 4 Å / 最低解像度: 45.46 Å / Power centric: 0 / Reflection acentric: 4901

IDR cullis acentricPower acentricReflection centric
ISO_100911
ANO_10.7741.2860
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_115.96-45.46006051
ISO_111.65-15.960010545
ISO_19.61-11.650014752
ISO_18.37-9.610017452
ISO_17.52-8.370019447
ISO_16.88-7.520022455
ISO_16.38-6.880024347
ISO_15.97-6.380026153
ISO_15.64-5.970028247
ISO_15.35-5.640030347
ISO_15.1-5.350030855
ISO_14.89-5.10033356
ISO_14.7-4.890034749
ISO_14.53-4.70035546
ISO_14.38-4.530037258
ISO_14.24-4.380039449
ISO_14.12-4.240040048
ISO_14-4.120039954
ANO_115.96-45.460.4872.666600
ANO_111.65-15.960.5782.4621050
ANO_19.61-11.650.6632.1041470
ANO_18.37-9.610.6351.9971740
ANO_17.52-8.370.5982.1211940
ANO_16.88-7.520.5742.1592240
ANO_16.38-6.880.6311.8782430
ANO_15.97-6.380.5951.8172610
ANO_15.64-5.970.7181.3762820
ANO_15.35-5.640.7821.2253030
ANO_15.1-5.350.7871.1113080
ANO_14.89-5.10.8370.973330
ANO_14.7-4.890.8790.8163470
ANO_14.53-4.70.9440.7163550
ANO_14.38-4.530.9290.6443720
ANO_14.24-4.380.9630.5133940
ANO_14.12-4.240.9640.4554000
ANO_14-4.120.9730.3663990
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
14.93885.8757.141SE129.622.27
214.37899.52510.45SE130.242.29
34.84257.7411.786SE140.511.42
410.18758.9942.011SE150.721.36
527.0274.52713.268SE192.151.14
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 5802
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.3-10072.10.523501
7.31-9.366.50.828509
6.35-7.3166.70.819509
5.75-6.3568.70.82503
5.32-5.7566.10.823505
5-5.32690.819501
4.74-5680.872510
4.53-4.7468.70.849510
4.35-4.5373.60.852504
4.2-4.3573.90.799501
4-4.279.70.682749

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.79→46.554 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.217 / SU B: 29.187 / SU ML: 0.259 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.546 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 842 5.083 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 16565 98.901 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.783 Å21.391 Å20 Å2
2--2.783 Å20 Å2
3----4.174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→46.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 0 13 3027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.9554196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1665379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71622.794136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.66815477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7791529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22027
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.51972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71523110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.01331240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7514.51086
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.79-2.8630.317550.3571032122288.953
2.863-2.9410.418690.3331092118997.645
2.941-3.0260.355760.281069115099.565
3.026-3.1190.218490.2471060111499.551
3.119-3.2210.253570.2381049110999.729
3.221-3.3340.308580.218984104399.904
3.334-3.460.235500.207978103099.806
3.46-3.6010.21490.194939988100
3.601-3.7610.225550.192878933100
3.761-3.9440.231460.186850896100
3.944-4.1570.176430.19283788199.886
4.157-4.4090.221400.18760800100
4.409-4.7120.222460.143735781100
4.712-5.0890.216240.16696720100
5.089-5.5730.249270.207641668100
5.573-6.2270.386260.229583609100
6.227-7.1850.366340.238516550100
7.185-8.7860.266160.194449465100
8.786-12.3660.215110.177361372100
12.366-46.5540.355110.33721422998.253
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.4664.0077-4.0336.3096.984613.2849-0.1896-0.7681.87111.5818-0.0472-0.0042-1.36131.04680.23690.0772-0.138-0.1008-0.0791-0.05570.778534.195767.8513-13.0905
215.5443-3.4775-4.251414.9473-2.0121.78240.35881.73082.12750.3532-0.2008-1.267-2.31050.9028-0.1580.1996-0.11660.11780.26290.40510.616431.887366.1336-25.8257
34.1669-3.1284-1.03933.65081.82116.38010.29030.45841.195-0.1862-0.436-0.2977-0.6455-0.26050.14560.07050.05520.05930.24930.20150.468723.372860.6505-20.7744
47.97023.993-3.86729.4742.9126.6775-0.3585-0.83171.09351.00250.6148-0.7765-0.53340.5337-0.25630.16040.108-0.02810.3397-0.04510.208723.58756.4163-9.183
55.80163.6747-0.21046.1397-5.21156.7723-0.05880.24680.04590.083-0.08110.757-0.15870.0910.13990.09680.16310.0370.37990.08120.193120.515451.4492-18.0095
617.5556-3.995-2.42327.4315-3.37152.9220.27760.78950.1199-0.08-0.1210.47060.0697-0.3656-0.15660.13190.15110.02760.3823-0.0090.114520.561851.1431-24.4947
76.45950.417-4.16446.3867-4.02184.89940.39430.8761-0.8823-0.3739-0.25690.34640.50380.2677-0.13740.08580.17670.00350.5864-0.1510.169328.075244.8384-28.0302
812.87224.32514.62747.97352.724611.72540.97511.95961.0144-0.7104-0.71520.0162-0.43920.0205-0.25990.06190.10090.23610.6240.36820.225528.66655.968-32.7346
97.6411-10.028-5.68318.62010.93112.03030.59942.12440.8835-0.0765-0.7285-0.44821.81310.57110.12910.03960.13450.03990.91370.01430.236435.981245.2429-34.3026
1015.85.775-0.937110.63715.83185.57810.13721.70641.4656-1.6215-0.2707-0.3528-1.21680.20090.13340.14910.11270.15470.81510.45080.332534.191156.0681-35.0637
118.4824-2.31031.17911.5224-3.1088.8594-0.0505-0.2661-0.6190.197-0.1914-0.34420.01170.75410.24190.1822-0.06740.02090.39070.00430.25632.256661.5194-25.4882
121.62720.7744-0.61721.20011.55344.33670.1101-0.22920.3556-0.1014-0.05460.2077-0.6949-0.1481-0.05550.3281-0.01720.01890.2456-0.02190.2453-7.109367.9815-23.7235
134.33562.2005-1.06984.4232-5.260313.4962-0.0446-0.33570.07480.21770.2639-0.2866-0.39710.0805-0.21930.0919-0.0206-0.03320.4369-0.15120.1369-5.992462.3916-12.0822
1415.49196.3127-2.08398.2517-0.69739.38810.3601-1.10390.53220.4912-0.1203-0.2043-0.62750.6753-0.23970.18790.0761-0.03310.4030.05650.0421-5.06563.6412-10.7746
156.12026.3128.17946.7336-2.088213.6834-0.6249-0.96290.28931.39271.11320.5674-1.6087-0.363-0.48840.34340.14490.22661.0723-0.23670.3365-17.806367.4473-6.2906
161.73552.40920.01336.1749-3.96466.8257-0.1175-0.3088-0.0983-0.03550.25510.5430.1744-0.6286-0.13750.0589-0.0066-0.00870.4846-0.0050.2125-18.759158.1437-19.2841
1711.63853.74231.42692.70672.406520.1711-0.184-0.2971.68740.58660.09170.7772-1.8627-1.16370.09230.07720.24680.09310.4155-0.05060.4377-23.827970.6761-17.6451
184.1972-2.9938-4.22724.50026.639811.3613-0.4577-0.0681-0.4512-0.28040.37190.3450.5318-0.37970.08590.2137-0.0742-0.05040.35680.10340.2668-18.391654.9664-30.7685
1916.46714.0527-10.93524.51980.326812.9043-0.09230.53550.1211-0.26590.30290.4317-0.4856-0.7223-0.21060.17880.0416-0.08820.38330.12960.1364-20.240661.0285-30.7806
2025.8048-5.6184-10.00593.13612.06424.27130.07040.15090.8932-0.56430.1540.4519-0.5828-0.5381-0.22440.210.0361-0.08280.3710.12480.2354-19.558663.1468-29.7774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA29 - 5029 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2AA62 - 8062 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3AA81 - 10981 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4AA110 - 128110 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5AA139 - 149139 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6AA150 - 174150 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7AA175 - 192175 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8AA193 - 207193 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9AA216 - 228216 - 228
10X-RAY DIFFRACTION10AA229 - 265229 - 265
11X-RAY DIFFRACTION11BB29 - 6729 - 67
12X-RAY DIFFRACTION12BB68 - 9768 - 97
13X-RAY DIFFRACTION13BB98 - 11998 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14BB120 - 148120 - 148
15X-RAY DIFFRACTION15BB149 - 162149 - 162
16X-RAY DIFFRACTION16BB163 - 185163 - 185
17X-RAY DIFFRACTION17BB186 - 196186 - 196
18X-RAY DIFFRACTION18BB197 - 221197 - 221
19X-RAY DIFFRACTION19BB222 - 240222 - 240
20X-RAY DIFFRACTION20BB256 - 265256 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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