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万見
- PDB-3bz6: Crystal structure of a conserved protein of unknown function from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bz6
タイトルCrystal structure of a conserved protein of unknown function from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000
要素UPF0502 protein PSPTO_2686
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC84902 / conserved domain / Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Protein of unknown function DUF480 / Protein of unknown function, DUF480 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0502 protein PSPTO_2686
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Tan, K. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved protein of unknown function from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000.
著者: Tan, K. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年2月5日ID: 2NR3
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0502 protein PSPTO_2686


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5331
ポリマ－20,5331
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.025, 72.025, 73.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. IT IS LIKELY A MONOMER.

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要素

#1: タンパク質 UPF0502 protein PSPTO_2686


分子量: 20532.506 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
生物種: Pseudomonas syringae group genomosp. 3 / 株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_2686 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q882E2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium acetate, 20% Isopropanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929, 0.97943
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月13日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979431
反射解像度: 2.2→31.54 Å / Num. all: 10229 / Num. obs: 10229 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique all: 426 / % possible all: 58.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.21→31.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 17.474 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24085 492 4.8 %RANDOM
Rwork0.19574 ---
all0.19788 9680 --
obs0.19788 9680 92.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20.32 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→31.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 0 26 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9861801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0785167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29724.15465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.96215248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2551515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4162862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24731345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2932515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8653456
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 23 -
Rwork0.318 454 -
obs-477 58.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.385 Å / Origin y: 32.111 Å / Origin z: 6.325 Å
111213212223313233
T-0.2744 Å2-0.0241 Å20.0066 Å2--0.3008 Å20.0163 Å2--0.0356 Å2
L5.2695 °20.3501 °21.2784 °2-2.4448 °21.978 °2--5.6473 °2
S0.0817 Å °-0.1377 Å °0.059 Å °-0.0383 Å °-0.1175 Å °0.1038 Å °0.1379 Å °0.2373 Å °0.0358 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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