ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT2 データ抽出 Show DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1OYG解像度 : 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.939 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.906 / SU B : 4.171 / SU ML : 0.112 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.245 / ESU R Free : 0.187 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.222 1286 5.1 % RANDOM Rwork 0.18 - - - all 0.182 25331 - - obs 0.182 25331 98.87 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 13.689 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.62 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.75 Å2 0 Å2 3- - - -0.13 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3438 0 0 266 3704
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.021 3513 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 2980 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.207 1.933 4759 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.771 3 6982 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.795 5 439 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.077 0.2 516 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 3978 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.003 0.02 705 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.193 0.2 607 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_other0.238 0.2 3403 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_other0.081 0.2 1880 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.144 0.2 260 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.31 0.2 13 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.318 0.2 40 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.24 0.2 19 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.341 1.5 2178 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.62 2 3504 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.155 3 1335 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it1.777 4.5 1255
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used : 10 / Rfactor 反射数 Rfree 0.223 177 Rwork 0.176 3449 obs - 3626
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 44.3369 Å / Origin y : 29.8527 Å / Origin z : 15.2939 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T 0.0192 Å2 0.0107 Å2 -0.008 Å2 - 0.0065 Å2 -0.0009 Å2 - - 0.0266 Å2 L 0.5544 °2 0.0314 °2 0.0183 °2 - 0.4787 °2 0.1491 °2 - - 0.6473 °2 S -0.0096 Å ° -0.0351 Å ° 0.0374 Å ° 0.0312 Å ° 0.009 Å ° 0.0021 Å ° -0.0334 Å ° 0.0097 Å ° 0.0007 Å °
精密化 TLSグループ Selection : ALL