ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.1.19精密化 Show PDB_EXTRACT2 データ抽出 Show DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1OYG解像度 : 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.943 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.902 / SU B : 4.246 / SU ML : 0.115 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.256 / ESU R Free : 0.188 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.208 1179 5.1 % RANDOM Rwork 0.162 - - - all 0.165 23261 - - obs 0.165 23261 91.07 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 12.285 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.22 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.19 Å2 0 Å2 3- - - 0.03 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3439 0 1 265 3705
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 20) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.021 3514 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 2982 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.197 1.933 4760 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.78 3 6987 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.815 5 439 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.079 0.2 516 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 3978 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.003 0.02 705 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.194 0.2 610 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_other0.239 0.2 3398 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_other0.081 0.2 1899 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.139 0.2 265 X-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refined0.138 0.2 3 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.153 0.2 9 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.291 0.2 36 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.286 0.2 17 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.344 1.5 2178 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.613 2 3504 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.117 3 1336 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it1.715 4.5 1256
LS精密化 シェル 解像度 : 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used : 10 / Rfactor 反射数 Rfree 0.234 152 Rwork 0.152 3081 obs - 3233
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 44.3118 Å / Origin y : 29.8081 Å / Origin z : 15.2751 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T 0.0205 Å2 0.0122 Å2 -0.0079 Å2 - 0.0074 Å2 -0.0027 Å2 - - 0.028 Å2 L 0.536 °2 0.041 °2 -0.0185 °2 - 0.4172 °2 0.1435 °2 - - 0.6592 °2 S -0.012 Å ° -0.0377 Å ° 0.0318 Å ° 0.0312 Å ° 0.0059 Å ° -0.0024 Å ° -0.0387 Å ° 0.0213 Å ° 0.0062 Å °
精密化 TLSグループ Selection : ALL