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- PDB-3byb: Crystal structure of Textilinin-1, a Kunitz-type serine protease ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3byb
タイトルCrystal structure of Textilinin-1, a Kunitz-type serine protease inhibitor from the Australian Common Brown snake venom
要素Textilinin
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / BPTI-like / beta hairpin / Kunitz-type protease inhibitor / trypsin / plasmin
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated blood coagulation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonaja textilis textilis (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Millers, E.K. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of textilinin-1, a Kunitz-type serine protease inhibitor from the venom of the Australian common brown snake (Pseudonaja textilis).
著者: Millers, E.K. / Trabi, M. / Masci, P.P. / Lavin, M.F. / de Jersey, J. / Guddat, L.W.
履歴
登録2008年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Textilinin
B: Textilinin
C: Textilinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3726
ポリマ－20,0953
非ポリマー2763
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.918, 99.918, 77.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Textilinin / Textilinin-1


分子量: 6698.442 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-59 (UNP residues 25-83) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonaja textilis textilis (コブラ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q90WA1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 2% (v/v) PEG 400, 2.0M ammonium sulfate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月19日 / 詳細: Confocal X-ray optics Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. all: 24779 / Num. obs: 24694 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.06 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→22.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.522 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21799 1259 5.1 %RANDOM
Rwork0.19124 ---
obs0.19265 23435 99.66 %-
all-23435 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→22.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1379 0 17 233 1629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9791946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6324.61578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59615221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.33159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3310.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.5888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36621404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1283610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4874.5542
LS精密化 シェル解像度: 1.631→1.673 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 100 -
Rwork0.239 1656 -
obs-1656 99.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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