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- PDB-3bx1: Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bx1
タイトルComplex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase
要素
  • Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
  • Subtilisin Savinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Complex (Proteinase-Inhibitor) Enzyme inhibition / Savinase / Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor / Calcium / Hydrolase / Metal-binding / Protease / Secreted / Serine protease / Sporulation / Alpha-amylase inhibitor / Protease inhibitor / Serine protease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase inhibitor activity / subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. ...Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase/subtilisin inhibitor / Subtilisin Savinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus lentus (バクテリア)
Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Micheelsen, P.O. / Vevodova, J. / Wilson, K. / Skjot, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural and Mutational Analyses of the Interaction between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the Subtilisin Savinase Reveal a Novel Mode of Inhibition
著者: Micheelsen, P.O. / Vevodova, J. / De Maria, L. / Ostergaard, P.R. / Friis, E.P. / Wilson, K. / Skjot, M.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Subtilisin Savinase
B: Subtilisin Savinase
D: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
C: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,40338
ポリマ－93,2534
非ポリマー1,14934
水10,341574
1
A: Subtilisin Savinase
C: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,33123
ポリマ－46,6272
非ポリマー70421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-165.4 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
2
B: Subtilisin Savinase
D: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,07215
ポリマ－46,6272
非ポリマー44513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-120.9 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
3
A: Subtilisin Savinase
B: Subtilisin Savinase
D: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
C: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
ヘテロ分子

A: Subtilisin Savinase
B: Subtilisin Savinase
D: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
C: Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,80576
ポリマ－186,5078
非ポリマー2,29868
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area27710 Å2
ΔGint-724.8 kcal/mol
Surface area56240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.637, 100.637, 216.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
31D
41C
51D
61C
71D
81C
12A
22B

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLYGLYDC10 - 3010 - 30
211ASPASPGLYGLYCD10 - 3010 - 30
321PHEPHEALAALADC46 - 12546 - 125
421PHEPHEALAALACD46 - 12546 - 125
531METMETGLYGLYDC142 - 152142 - 152
631METMETGLYGLYCD142 - 152142 - 152
741GLYGLYLYSLYSDC165 - 177165 - 177
841GLYGLYLYSLYSCD165 - 177165 - 177
112PROPROALAALAAA5 - 2705 - 264
212PROPROALAALABB5 - 2705 - 264

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Subtilisin Savinase / Alkaline protease


分子量: 26718.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus lentus (バクテリア) / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P29600, subtilisin
#2: タンパク質 Alpha-amylase/subtilisin inhibitor / BASI


分子量: 19908.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P07596

-
非ポリマー , 4種, 608分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 95850 / Num. obs: 84089 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3898 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 41.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1AVA and 1SVN

1ava

1svn


解像度: 1.85→35.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.22 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23894 4208 5 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.20379 79404 87.3 %-
all-83612 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6620 0 34 574 7228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0216791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.9379287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.9015921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.83223.718277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.22215963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.941541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.23257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.24558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1480.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3350.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0391.54485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84727166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6932368
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0994.52108
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1D961medium positional0.610.5
2A1829medium positional0.230.5
1D961medium thermal2.592
2A1829medium thermal3.352
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.895 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 120 -
Rwork0.29 2499 -
obs-2499 37.46 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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