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- PDB-3bwy: Crystal Structure of Human 108M Catechol O-methyltransferase boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bwy
タイトルCrystal Structure of Human 108M Catechol O-methyltransferase bound with S-adenosylmethionine and inhibitor dinitrocatechol
要素COMT protein
キーワードTRANSFERASE / COMT / methyltransferase / polymorphism / Rossmann fold / SAM / DNC
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / renal albumin absorption / Methylation / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / O-methyltransferase activity / cellular response to cocaine / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to food / response to corticosterone / glycogen metabolic process / startle response / dopamine metabolic process / exploration behavior / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / response to cytokine / response to amphetamine / methyltransferase activity / visual learning / response to toxic substance / response to wounding / memory / multicellular organism growth / response to oxidative stress / methylation / gene expression / Potential therapeutics for SARS / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / magnesium ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-DINITROCATECHOL / S-ADENOSYLMETHIONINE / Catechol O-methyltransferase / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Rutherford, K. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Parson, W.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of human 108V and 108M catechol O-methyltransferase.
著者: Rutherford, K. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Parson, W.W.
履歴
登録2008年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8587
ポリマ－23,8801
非ポリマー9776
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.249, 66.163, 68.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 COMT protein / E.C.2.1.1.6 / (Catechol-O-methyltransferase / isoform CRA_a


分子量: 23880.455 Da / 分子数: 1 / 変異: V108M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: V108M polymorphism / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMT / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q6ICE6, UniProt: P21964*PLUS, catechol O-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-DNC / 3,5-DINITROCATECHOL


分子量: 200.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O6
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris, NaCl, MgCL2, DTT, HEPES, MPD, SAM, DNC, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 40351 / Num. obs: 40351 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.214 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.351.70.4113610.68928.3
1.35-1.41.90.40322200.7746.3
1.4-1.462.30.38632220.96467.1
1.46-1.5430.32842181.12287.4
1.54-1.644.40.31747301.43898.4
1.64-1.765.30.28348251.37599.9
1.76-1.946.10.2248571.55299.9
1.94-2.226.10.14248791.17599.9
2.22-2.86.10.09449290.93599.9
2.8-505.60.05851101.04399.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3BWM

3bwm


解像度: 1.3→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.708 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.167 2061 5.1 %RANDOM
Rwork0.124 ---
all0.126 40175 --
obs0.126 40175 81.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 0 42 179 1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9162.0132458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12532967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3715213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08625.11984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69715321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6461510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.54341074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2634434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.48461743
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2926736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.70710715
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.59533014
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.9873156
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.07732984
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 44 -
Rwork0.206 841 -
all-885 -
obs--24.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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