PDB-3bvq: Crystal Structure of Apo NotI Restriction Endonuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bvq

タイトル

Crystal Structure of Apo NotI Restriction Endonuclease

要素

NotI restriction endonuclease

キーワード

HYDROLASE / Restriction enzyme fold / PD-(D/E)-XK / Restriction endonuclease / rare-cutting / Fe-Cys4 motif / iron-sulfur protein

機能・相同性

endonuclease activity / metal ion binding / identical protein binding / : / NotI restriction endonuclease

機能・相同性情報

生物種

Nocardia otitidiscaviarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lambert, A.R. / Sussman, D. / Shen, B. / Stoddard, B.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structures of the Rare-Cutting Restriction Endonuclease NotI Reveal a Unique Metal Binding Fold Involved in DNA Binding.
著者: Lambert, A.R. / Sussman, D. / Shen, B. / Maunus, R. / Nix, J. / Samuelson, J. / Xu, S.Y. / Stoddard, B.L.

履歴

登録	2008年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bvq.cif.gz	139.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bvq.ent.gz	109.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bvq_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bvq_full_validation.pdf.gz	463 KB	表示
XML形式データ	3bvq_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	3bvq_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c25C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g46-2 3g5h-2 4g45-2 4iq9-2 2rfd-d 3fvy-d 4tri-d 4g47-2 3g5f-2 3dc1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NotI restriction endonuclease

B: NotI restriction endonuclease

ヘテロ分子

85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.893, 74.893, 274.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 4

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	PRO	PRO	A	A	12 - 364	12 - 364
2	THR	THR	B	B	12 - 366	12 - 366

#1: タンパク質	NotI restriction endonuclease 分子量: 42753.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nocardia otitidiscaviarum (バクテリア) 遺伝子: notIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2I6W2
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9804, 0.9805, 0.9744, 1.0048

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9804	1
2	0.9805	1
3	0.9744	1
4	1.0048	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 20201 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 0.984 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 21 % / R_merge(I) obs: 0.317 / Num. unique all: 1907 / Χ²: 0.952 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 2.8→45.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.841 / SU B: 54.807 / SU ML: 0.486 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.497 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.335	1028	5.1 %	RANDOM
R_work	0.262	-	-	-
obs	0.266	20107	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.375 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5148	0	12	0	5160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.103	1.941	7252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.054	5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.045	23.657	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.779	15	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.273	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.306	1.5	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.509	2	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.445	3	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.716	4.5	1749

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2311 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
MEDIUM THERMAL	0.17	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	67	-
R_work	0.367	1332	-
all	-	1399	-
obs	-	-	96.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4421	-0.59	-0.4284	0.5427	0.1439	0.7164	0.0449	-0.052	-0.6187	-0.0147	-0.024	0.1466	0.1673	0.0047	-0.0209	-0.1187	-0.0587	-0.018	0.0466	-0.0193	0.1797	44.8785	55.6957	111.9606
2	1.3318	0.1173	-0.5137	1.1083	0.2045	0.255	0.0059	-0.0561	0.0812	0.151	0.02	0.0668	0.0273	0.0013	-0.026	-0.1392	0.0138	0.0132	0.0493	0.0125	-0.0705	27.4102	80.3579	124.6286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 364	12 - 364
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	12 - 366	12 - 366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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