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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bvh | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide | |||||||||
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![]() | BLOOD CLOTTING / Blood coagulation / Disease mutation / Glycoprotein / Phosphoprotein / Secreted / Pyrrolidone carboxylic acid / Sulfation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) ...platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / cell adhesion molecule binding / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet aggregation / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / extracellular vesicle / Platelet degranulation / cell cortex / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / blood microparticle / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / synapse / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bowley, S.R. / Merenbloom, B.K. / Betts, L. / Okumura, N. / Heroux, A. / Gorkun, O.V. / Lord, S.T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Polymerization-defective fibrinogen variant gammaD364A binds knob "A" peptide mimic. 著者: Bowley, S.R. / Merenbloom, B.K. / Okumura, N. / Betts, L. / Heroux, A. / Gorkun, O.V. / Lord, S.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 284.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lt9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 7276.447 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 148-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02671 #2: タンパク質 | 分子量: 34171.359 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 191-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02675 #3: タンパク質 | 分子量: 33293.949 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 128-420 / Mutation: D390A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02679 |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 GIHJ
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 426.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #5: 多糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 450分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 66878 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 66878 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 94.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LT9 解像度: 2.6→50 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.59→2.63 Å
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