PDB-3buj: Crystal Structure of CalO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3buj

タイトル

Crystal Structure of CalO2

要素

CalO2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / P450 / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase / Oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora echinospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

McCoy, J.G. / Johnson, H.D. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Structural characterization of CalO2: a putative orsellinic acid P450 oxidase in the calicheamicin biosynthetic pathway.
著者: McCoy, J.G. / Johnson, H.D. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Lei, I.K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2008年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	2bvjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hqr-d 3rwl-d 5fyf-2 3e5j-d 4lht-2 5it1-1 3a1l-d 3be0-1 4fb2-3 3oft-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CalO2

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.202, 71.202, 204.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	CalO2 分子量: 43971.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calO2 / プラスミド: pPW50 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8KND6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: MEPEG 5000, TMACl, Triethanolamine, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9755 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9755 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.47→100 Å / Num. obs: 19109 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 25.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.47-2.56	12.4	0.475	1479	0.983	1	77
2.56-2.66	15.8	0.463	1819	0.951	1	94.9
2.66-2.78	23	0.409	1910	0.975	1	99.2
2.78-2.93	27.8	0.34	1915	0.97	1	99.1
2.93-3.11	28.9	0.244	1932	0.971	1	99.3
3.11-3.35	28.8	0.15	1940	0.989	1	99.3
3.35-3.69	28.7	0.098	1957	1.045	1	99.5
3.69-4.22	28.3	0.072	1986	0.997	1	99.5
4.22-5.32	27.9	0.056	2005	1.002	1	99.5
5.32-100	25.8	0.038	2166	0.978	1	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	45.17 Å
Translation	4 Å	45.17 Å

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 19079

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.85-100	27.4	0.606	507
6.93-8.85	39.9	0.738	510
6.01-6.93	40.4	0.666	505
5.43-6.01	44.8	0.713	506
5.02-5.43	35.8	0.758	506
4.7-5.02	34	0.787	527
4.44-4.7	33.8	0.792	556
4.21-4.44	36.9	0.8	581
4.02-4.21	35	0.806	610
3.85-4.02	40.2	0.784	644
3.7-3.85	41.7	0.78	651
3.57-3.7	40.8	0.756	670
3.45-3.57	45.5	0.769	716
3.34-3.45	46.6	0.751	730
3.24-3.34	47.5	0.785	725
3.15-3.24	48.5	0.76	776
3.06-3.15	50.8	0.765	782
2.99-3.06	54.1	0.761	802
2.92-2.99	57.2	0.719	840
2.85-2.92	55	0.729	811
2.79-2.85	53.9	0.752	870
2.73-2.79	52.7	0.745	879
2.67-2.73	55.6	0.746	896
2.62-2.67	54.2	0.712	886
2.57-2.62	55.1	0.696	895
2.53-2.57	57.2	0.664	808
2.47-2.53	57.8	0.69	890

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model derived from 2BVJ

2bvj

解像度: 2.47→67.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 18.61 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	976	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.201	19078	96.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→67.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3096	0	43	85	3224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.175	2.012	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.048	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.684	20.745	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.363	15	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.295	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.382	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.399	1.5	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.699	2	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.01	3	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.593	4.5	1243

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.536 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.471	54	-
R_work	0.318	1005	-
all	-	1059	-
obs	-	-	73.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2318	-7.7256	-6.2857	25.0637	30.4897	48.4807	1.1122	0.9822	1.026	-1.0331	0.8889	-2.2861	-2.5942	0.9132	-2.0011	0.6098	-0.0337	0.167	0.4571	0.0927	0.4033	15.129	47.606	-8.202
2	8.1509	-2.2269	-7.178	13.6339	12.4498	14.7672	-0.0341	-0.0727	0.3143	-0.8966	0.1756	-0.8226	-1.2816	0.1246	-0.1415	0.6072	0.0935	0.0303	0.3908	0.1581	0.0791	9.447	52.807	-2.582
3	5.7819	2.6106	3.9737	14.7854	-4.1376	13.6678	0.2547	1.5181	-0.0553	-0.9195	-0.3317	0.1233	-0.9673	-0.6687	0.0769	0.5533	0.2233	0.0209	0.5459	-0.0518	0.0748	9.507	42.653	-11.922
4	11.7179	0.0515	-2.5574	4.5608	1.5622	6.7959	-0.2281	0.3362	-0.2938	-0.2397	-0.1211	0.5831	0.0215	-1.4756	0.3492	0.1462	0.0123	-0.0294	0.518	-0.2319	0.0809	6.421	31.914	-5.171
5	1.3123	1.7543	1.8713	4.2934	4.7536	7.6159	-0.2526	-0.0891	0.3143	0.0039	0.1584	-0.2682	-0.4127	0.4248	0.0942	0.2556	-0.0148	0.0768	0.2104	-0.0158	0.1061	24.926	30.55	4.661
6	0.1827	-0.2665	0.2942	4.612	1.8901	1.7475	-0.306	0.0486	-0.7163	0.4704	-0.1442	0.6266	0.3484	-0.1755	0.4502	0.3794	-0.0415	0.1779	0.1462	-0.0235	0.1571	12.465	27.648	16.479
7	2.7552	-1.8062	-1.2191	9.8592	1.6724	2.6613	-0.0858	0.0041	0.122	0.301	0.077	0.0088	-0.0783	-0.2999	0.0088	0.3	0.0137	0.0725	0.217	-0.0317	0.0679	4.877	51.32	25.132
8	8.5266	0.0601	-5.8738	2.9666	0.4487	8.2108	0.404	-0.3852	0.3195	0.0741	0.0153	0.1009	-0.2506	0.6627	-0.4192	0.2157	0.068	0.0566	0.0766	-0.0497	0.0705	17.069	42.248	24.379
9	20.8225	-0.48	-0.8643	17.679	12.6531	9.069	0.5086	1.2945	1.8638	-2.8817	0.2219	-1.0881	-2.5658	0.8057	-0.7305	0.5953	-0.0468	0.28	0.0777	-0.0209	0.2605	28.094	43.024	12.991
10	16.6812	12.7338	-6.0511	29.7444	-5.46	10.887	0.3906	-1.1252	-0.8945	2.6283	-0.8263	-1.1405	-0.0404	-0.0264	0.4357	0.3953	-0.0166	-0.0221	0.1595	0.0313	-0.0597	19.26	31.513	32.175
11	7.3932	2.0769	-5.4335	11.0575	0.5675	4.4118	-0.1068	-0.4783	-0.8307	-0.1927	-0.4709	-0.1877	1.1019	1.0736	0.5777	0.5787	0.1306	0.1564	0.3597	0.1355	0.2149	16.607	22.733	24.961
12	8.2217	-13.0113	9.9331	21.2416	-15.1587	12.4846	0.424	0.873	0.0111	-1.083	-0.6886	-0.7149	0.6264	0.3546	0.2646	0.383	0.0423	0.1561	0.3598	0.0307	0.2617	13.77	38.518	17.161
13	8.1386	0.1585	-2.8965	6.9862	-0.1238	6.6142	-0.1284	0.0249	0.7279	-0.5232	-0.2685	0.9003	-0.9744	-1.3425	0.3969	0.2364	0.3184	-0.0658	0.453	-0.1588	0.0739	-8.612	53.022	12.032
14	5.136	-1.8813	-3.7849	2.3521	1.4725	2.7937	0.3552	0.9579	0.2144	-0.1747	-0.3984	0.1811	-0.3634	-0.7286	0.0432	0.1571	0.112	-0.0137	0.3835	-0.1272	0.0385	2.805	42.206	4.793
15	9.1973	-0.2702	2.8591	0.0239	-0.4768	10.5527	0.1705	0.4324	-0.6887	-0.3361	-0.1839	0.5105	0.6038	-0.7173	0.0133	0.2625	-0.0275	-0.0061	0.3524	-0.1587	0.1539	13.463	27.382	-12.493
16	1.1621	0.8206	-0.9514	1.1139	0.4598	3.1756	-0.1664	0.706	-0.0458	0.0366	-0.2395	0.4299	-0.2861	-1.114	0.4059	0.1915	0.1734	-0.0197	0.5615	-0.134	0.0537	5.012	38.365	-4.634
17	23.4537	-10.4446	-3.4168	10.8673	8.3661	13.3568	-0.3382	0.9623	-1.7736	-0.5907	-0.978	1.1054	-0.1922	-1.3898	1.3162	0.1564	0.3497	-0.09	0.7336	-0.2371	0.2689	-9.632	46.123	1.146
18	1.2748	-0.7807	-0.443	6.7138	3.0124	3.4465	0.0223	0.4623	-0.0168	0.2548	-0.4342	0.4103	0.0848	-0.7597	0.412	0.1139	0.0013	0.06	0.2847	-0.0893	0.1104	-0.648	42.468	14.508
19	11.8947	-4.469	-12.9621	14.3662	9.4666	19.7952	0.8762	1.0098	0.579	-2.1732	-0.2438	-0.6614	-0.7713	-0.1914	-0.6324	0.5073	0.0458	0.1471	0.3317	0.1119	0.1683	10.601	57.853	7.549
20	7.5218	-5.5867	-7.013	10.3271	8.6738	11.9097	0.0839	0.1206	-0.1562	-0.5996	-0.2726	0.2972	-0.463	-0.3417	0.1887	0.2813	0.0529	0.0731	0.1361	0.0454	0.0633	5.161	56.998	15.296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 8	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	9 - 17	9 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	18 - 35	18 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	36 - 52	36 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	53 - 69	53 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	70 - 106	70 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	107 - 143	107 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	144 - 164	144 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	165 - 184	165 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	185 - 204	185 - 204
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	205 - 223	205 - 223
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	224 - 240	224 - 240
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	241 - 267	241 - 267
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	268 - 286	268 - 286
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	287 - 300	287 - 300
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	301 - 317	301 - 317
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	318 - 331	318 - 331
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	332 - 367	332 - 367
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	368 - 381	368 - 381
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	382 - 397	382 - 397

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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