登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bu0 |
---|
タイトル | crystal structure of human ABH2 cross-linked to dsDNA with cofactors |
---|
要素 | - Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2
- DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*AP*TP*(2YR)P*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
- DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DA)-3')
|
---|
キーワード | Oxidoreductase/DNA / protein/DNA interaction / human dioxygenase / DNA repair / cross-link / DNA damage / Iron / Metal-binding / Nucleus / Oxidoreductase / Oxidoreductase-DNA COMPLEX |
---|
機能・相同性 | 機能・相同性情報
cytosine C-5 DNA demethylase activity / ALKBH2 mediated reversal of alkylation damage / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / rDNA binding / DNA alkylation repair / ferrous iron binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus類似検索 - 分子機能 DNA oxidative demethylase ALKBH2 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta類似検索 - ドメイン・相同性 2-OXOGLUTARIC ACID / : / DNA / DNA (> 10) / DNA oxidative demethylase ALKBH2類似検索 - 構成要素 |
---|
生物種 | Homo sapiens (ヒト) |
---|
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å |
---|
データ登録者 | Yang, C.-G. / Yi, C. / He, C. |
---|
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of DNA/RNA repair enzymes AlkB and ABH2 bound to dsDNA. 著者: Yang, C.G. / Yi, C. / Duguid, E.M. / Sullivan, C.T. / Jian, X. / Rice, P.A. / He, C. |
---|
履歴 | 登録 | 2007年12月31日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
---|
改定 1.0 | 2008年4月22日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
---|
改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Advisory / Version format compliance |
---|
改定 1.2 | 2014年5月21日 | Group: Other |
---|
改定 1.3 | 2021年10月20日 | Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
---|
|
---|